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1話：ウラシマドライブ

2012年、海上都市・人工島が“海が燃える現象”で崩壊する。現象に遭遇した波留真理は眠り続け、精神は事故当時のまま50年が経過した。そして2061年、電理研統括部長の久島は通称“メタル”と呼ばれる高次情報空間で問題の現象を観測していた。

2話：少女

“海が燃える現象”と謎の衝撃波に見舞われ、アイランド全域が停電に。事態を解決するために、ミナモは使用されないモノレールの上を走り変電所を目指す。メタリアル・ネットワークにダイブした波留は、ダイバーとしての潜脳能力を発揮し始めた。

3話：リダイブ

久島が作り上げた人工島の50年を目の当たりにし、メタリアル・ネットワークに新たな海を見た波留は、もう一度、海を感じるために久島の与えた潜脳試験に挑む。だが、二度と海を失いたくないという思いだけが空転し、波留は試験に失敗してしまう。

4話：欲望の環礁

波留真理調査事務所に諮問委員会のジェニー・円が訪れ、ブレインダウンした人工島の株主を救ってほしいと波留に伝える。難解な依頼だったが、波留はこれを引き受ける。波留にバディとして指名されたミナモは、自分ができることを探し始める。

5話：スーマラン

メタリアル・ネットワークの実践型格闘コミュニティに出入りする蒼井ソウタ。彼は負けた理由を知るためにホロンに会いに行く。同じ頃、事務所を開いた波留にプレゼントするために、ミナモは“スー･マラン”というサングラスを探していた。

6話：ラブ・レター

読書感想文の宿題を出されたミナモだが、人工島ではすべての本が電子文書として発行されているため、電脳化していないミナモには読める本がない。ようやく本物の本が納められた中央図書館の数少ない蔵書の中から、感想文用の本を見つけ出すが…!?

7話：手と手で

波留真理調査事務所に現れた依頼主はダップーと呼ばれる犬だった。犬が何かを伝えたがっていることに気づいたミナモがメタリアル・ネットワークからアクセスすると、ダップーと飼い主の人間の意識が入れ替わっていると判明。飼い主の体はどこに？

8話：ノー・フレンド

人工島で、誰も知らない少女の姿を見かけるという噂が広がっていた。ミナモの学校にも、幽霊が現れるという怪談話が持ち上がる。サヤカはプールの中に漂う謎の少女を目撃し、ユキノは誰もいない廊下で白い手に腕をつかまれる。幽霊の正体は何か!?

9話：職

ミナモとソウタの父・蒼井衛は電理研管理部技術課の課長である。常に仕事を優先し、家庭的な父親とは言えない人物ではあったが、電理研では部下に慕われる有能な管理職であった。そんなある日、電理研でメタルのシステム介入が発生し…!?

10話：至高の話手

ミナモの通う学校で、メタルの中によく当たる占い師がいると評判になっていた。その占い師の名はエライザ。だがエライザと接触した人間たちの記憶に一部欠損が認められたため、電理研がエライザの正体を探るために調査を開始していた。

11話：純正律

ミナモは電理研の久島から招待状を譲り受けて、世界的なバイオリスト、一之瀬カズネのコンサートを聴きに行った。カズネと話す機会を得たミナモは、演奏に感動したことを伝える。だが、カズネはこのコンサートを最後に引退することを決めていた。

12話：光のない朝

ミナモが人工島の海岸で出会った少女・三稜映見。彼女は生まれつき目が見えないが、手術で視力を取り戻したばかり。しかし、まだ世界というものを認識できずにいた。その頃、波留は行方不明となったアーティストの捜索依頼を受ける。

13話：もうひとつの海

のどかな午後。静かに時の過ぎ行く中、波留とミナモは散歩に出かける。その最中、波留は自らの少年時代、東京で生まれ育ったこと、そして失われた故郷の姿と、第二の故郷、唐津で初めて海に潜ったときのことなどを思い返していく。

14話：波と風

ミナモが事務所の留守番をしていると、オーストラリアの祖母・洋子から電話が入る。波留とミナモが出会ってから今まで、いろいろな事件が起きたことを洋子に話す。そして、ミナモは波留の見ている世界を見てみようと思うのであった。

15話：食

波留に久島が届けた「脳餓死」の事故調査報告書に、その原因が小湊沙織の遺した企業、ネオブレイン社の託体ベッドにある可能性が示唆される。波留はメタルにダイブして、「脳餓死」の調査を敢行。メタル・コミュニティ「美食倶楽部」に潜入する。

16話：透明な力

ソウタは毎日のようにホロンと組み手を交わすが、一度も勝てない。メタルの格闘コミュであれば勝てるのに、実際には勝てず、悩むソウタ。そんな中、「ハナマチ」の風俗店でホロンと同型の公的アンドロイドが流用されているという報告が入る。

17話：ホーム＠ホーム

オーストラリアからミナモの祖母・洋子が人工島に遊びにくる。同じ頃に母・ミズホも立ち寄るとのこと。ミナモは家族の揃うこの機会を利用してパーティを開こうとするが、ソウタは台風の中、気象分子プラントの実地調査で帰れなくなってしまう。

18話：緑の叛乱

かつて気象分子の実験を行った島から特殊なノイズが発信されてきた。電理研が調査のために波留たちを派遣すると、そこで出迎えたのは、この島で暮らしていたパークレンジャーのウムランだった。ウムランの案内で波留たちは、密林の奥地へと歩く。

19話：樹海の涙

密林で起こった電力低下現象のために外部のメタルとの接続を断ち切られ、ホロンは稼動不能に。電理研の久島との連絡も取れず救援も呼べない中、ソウタはホロンのためにその場に留まり、波留とミナモをパークレンジャーのウムランと先行させる。

20話：その足で

森で奇跡的な光景を見た波留は本当の海に向かい合う情熱が蘇る。ミナモはそれを見て、波留に内緒で電脳化を考える。サヤカやユキノは電脳化を歓迎し、洋子はミナモに結論を委ねる。そして、検査に訪れた病院でミナモは波留に似た青年に出会った。

21話：永遠

人工島完成20周年式典を控え、島中が盛り上がる中、ハレー彗星の接近にちなんで永遠の愛を歌うブレスレット・インフィニティのCMに見入るソウタ。一方、臨時評議会の前に波留と会った久島は、今の地位を更迭されるかもしれないと告げる。

22話：静かなる死

久島が消えた。その報告を受けた電理研は混乱の極みにあった。ソウタは久島を捜すため、ホロンと人工島内を奔走する。波留はメタルの海から久島を捜そうと無謀なダイブを繰り返していた。ソウタはジェニー・円に向かっていくが返り討ちにあう。

23話：人間律

20周年式典の前夜祭が行われる中、書記長のエリカに対する黒い噂が流れ、会場は重いムードに包まれる。そんな書記長の前に現れたのは、ミナモだった。ミナモと話し、初心を思い出す書記長は、久島が残したものを知るために、ソウタと再会する。

24話：地球律

地球律に伴う衝撃波の発生を抑えるため、書記長と波留たちはジェニー・円と会う。だがジェニーは自らの信念のために、書記長から実権を奪い、自らが人工島の代表者となって気象分子プラントの稼動を実行に移す。打つ手を失った波留たちは…!?

25話：ラストダイブ

気象分子が散布され、世界はバランスを失い始めていた。来るべきときに備える波留。それを見るミナモ。ある雨の日に、波留はミナモをランチに誘う。静かな海の前で時間が過ぎる。そして、波留は久島に会いに行くと、ミナモに告げるのであった。

26話：リアルドライブ

地球律に伴う衝撃波が気象分子プラントを襲い、燃える海の中へと飲み込んでいく。訪れるタイムリミット。それを防ぐために超限界ダイブを実行に移す波留。ソウタや電理研のサポートをうけて深海とメタル、両方の海に同時ダイブを実施する。