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第1話：出発のバラード

鉄郎は、メガロポリスステーションに向かう途中、機械伯爵に襲われ母を失った。しかし、亡き母によく似ている謎の美女・メーテルに救われ、共に銀河超特急999号で旅をする。機械の体をくれるという星を目指すが…。

第2話：火星の赤い風

火星の都・大シルチスは、ただ赤い風が吹くだけのさびれた星だった。そこで鉄郎は999号に乗ることを夢見るゼロニモに撃たれてしまう。パスを奪われるのだが、ゼロニモは恋人のフレーメに銃を向けられる。

第3話：タイタンの眠れる戦士

知りあったウエイトレスのクレアに、亡霊から命を救われるが、彼女は砕け散ってしまった。ようやく到着した土星の衛星タイタンで、鉄郎はメーテルをさらわれてしまう。老婆は救いにいこうとする鉄郎に銃を手渡す。

第4話：大盗賊アンタレス

大盗賊アンタレスは999号を列車ジャックし、鉄郎たちを人質にすると、自分の家の前に999を停車させてしまう。彼は生身の人間でいるメーテルと鉄郎を気に入り、家の中へ招く。そこにはあるものが待っていた。

第5話：迷いの星の影

冥王星には機械の体になった人間の生身の頃の体が眠っている。そこで鉄郎は、メーテルが氷の墓場で涙するのを目撃。その夜、鉄郎は、死んだ母の姿を借りた氷の墓場の管理人・シャドウに誘い出され、命を狙われる。

第6話：彗星図書館

彗星の巣・コメットステーション駅に到着した鉄郎は、そこが無重力の世界であることに驚く。また、本屋では怪しい男に、言いがかりをつけられ、撃たれてしまう。医者に診てもらうが、今度は治療の代わりに…。

第7話：重力の底の墓場（前編）

999は重力の底に落ち込んだ。先に遭難していた333に入ってみるが、急激に数百年も時間が進んだようだった。鉄郎は、そこに現れた時間を操れる魔女リューズに気に入られ、彼女の家に強引に連れていかれる。

第8話：重力の底の墓場（後編）

話を聞いてみると、リューズは、好きな男のために自分の体を改造し続けた揚げ句、裏切られてしまった悲しい女性だと判明。鉄郎は、その気持ちを理解するが、「僕の未来は自分で決めたい」と彼女に告げた。

第9話：トレーダー分岐点（前編）

銀河鉄道の多くの路線が交わる、トレーダー分岐点。駅の周囲には、旅費しか持たない貧しい旅行者が多い。「おごってあげるよ」と言ったため、旅行者たちに追い回されることになった鉄郎は、ある女性に助けられる。

第10話：トレーダー分岐点（後編）

不覚にも眠り落ちてしまった鉄郎は、花子に「野の花」駅行きの列車に乗せられてしまっていた。そこで、鉄郎は、彼女の結婚相手として、老いた両親に紹介される。喜ぶ両親を前に、鉄郎は何も言えなくなってしまう。

第11話：不定形惑星ヌルーバ

形の定まらない星・ヌルーバで、鉄郎とメーテルは、形の定まらないヌルーバ星人に襲われ、体の型を取られた揚げ句に、服を奪われてしまう。鉄郎とメーテルに化けて、999で旅をしようという魂胆だった。

第12話：化石の戦士（前編）

999は線路への置石のせいで化石の星に緊急停車した。すると化石に興味を抱いた鉄郎は、999から出てしまう。美しい化石に見とれていると、星の化石の番人である戦士に、化石泥棒と間違われ、ひどい目に遭う。

第13話：化石の戦士(後編)

盗賊団に捕らえられていた化石の戦士を救出した鉄郎だったが、戦士はパスを奪ったまま逃走した。恋人のリージャの化石と、999でこの星を出ようというのだ。鉄郎が追いかけるなか、再び化石化ガス雲が星に迫る。

第14話：二重惑星のラーラ

全住人が機械化された星・完全機械化。そこは、生身の人間を差別する傲慢な機械人間ばかりがいた。そこで鉄郎は、ラーラという女医の車にわざとはねられてしまう。彼女の目的は、鉄郎と体を取り換えることだった。

第15話：水の国のベートーベン

黒騎士の星で、一緒にこの星で暮らしてくれ、という黒騎士の頼みを断った鉄郎。黒騎士は逆上して槍を投げつけてきた。槍は、鉄郎をかばったメーテルを射抜く。鉄郎は敵を討とうと黒騎士に立ち向かう。

第16話：蛍の街

体の光り方で身分が決定する星で、鉄郎はアニメーション監督を目指しているという貧しい少女・フライヤに出会う。お金をあげようとして断られ、しょげる鉄郎だったが、アニメの絵コンテを買ってほしいと頼まれる。

第17話：装甲惑星

生き物全てが超硬質の装甲で覆われた星で、メーテルが装甲昆虫に貫かれ大きな傷を負う。鉄郎は医者を探しに列車から出てしまうが、この星の住人はたった2人。そのうちの1人、ヌータルに鉄郎は襲われてしまう。

第18話：泥のメーテル

雨のやまない雨の都で、電話で女性から呼び出された鉄郎は泥の池に引きずり込まれてしまう。そこには、メーテルという泥の中に住む貧しい女性がいた。鉄郎は一緒に住んでほしいという彼女の願いを断るが…。

第19話：ざんげの国

清らかで名高いざんげの国で、休暇を楽しんでいた車掌が強盗に襲われる。メーテルと鉄郎は、車掌をなぐさめるが、悪い噂が広まることを恐れた星の清潔管理局が、その事件の記憶を消去しようと動きだす。

第20話：プロフェッショナル魂

プロフェッショナルが集まる思い出星で、メーテルが忠告したにもかかわらず、鉄郎は縛り首のプロと目を合わせてしまい、縛り首にされかける。この危機を救ったのはプロのガンマンだったのだが…。

第21話：枯葉の墓標

鉄郎とメーテルは星の中が空洞になっているバレラーで、空中遊泳を楽しんだりカウボーイに追われたり。枯葉の墓標ではブライヤという木でできた森木さんという人に出会う。その後、999号が突然故障してしまい…。

第22話：海賊船クイーン・エメラルダス

海賊船クイーン・エメラルダスに急襲された999は、抵抗したものの海賊惑星に停車を余儀なくされる。そこで女海賊エメラルダスに決闘を挑まれたメーテルは、敗れてしまい、体を奪われそうになるが…。

第23話：原始惑星の女王

原始的な星・けんか別れは文明社会と原始生活、ふたつの世界に分かれている。住人に襲撃され、女王にされたメーテル。鉄郎は、そんな彼女の指示で、崖から突き落とされてしまうが、それはメーテルの作戦だった。

第24話：次元航海惑星

傲慢な女王・エゴテリーナの意のままに宇宙を航海する次元航海惑星。999は停車駅を次元航海惑星に破壊され、緊急停車する。エゴテリーナたちに襲撃されるが、鉄郎たちは、女王に気に入られ食事に招待される。

第25話：鋼鉄天使

工場だらけの星・マスプロンで、鉄郎が泊まったホテルが爆破される。しかし、それは星を汚しながら物を作り続ける政府に対し、反乱を企てる少女・クローマリアの仕業だった。鉄郎は彼女を何とか救う。

第26話：白骨の歌

卵売りのホロホロは、恋人に裏切られ続け、そのたびに肉体を失っていた。胸に風穴のあいた、骨だけの姿になった彼は、卵を買ってくれた鉄郎に罪を着せて、かつての恋人と新しい男を銃で撃ち殺す。

第27話：雪の都の鬼子母神

雪のやまない星で、メーテルとはぐれた鉄郎は、空腹の少女・ユキに出会う。ビスケットのかけらをあげたお礼として、女の子の家に案内される鉄郎。しかし、その母親は、鉄郎のことを食料にしようとして…。

第28話：かげろう星の文豪

鉄郎たちは誰も住んでいないはずのかげろう星に降りた。そこで、大小説家・世井正雪と出会うが、世俗を捨てたはずの彼はメーテルに惹かれ、鉄郎に取って代わろうとして、鉄郎を星に置き去りにして999に乗り込む。

第29話：サケザン大陸

ジャングルの星で、大酒飲みの支配者・サケザンに捕らえられてしまった。メーテルは鎖につながれ酌をさせられる。鉄郎はライザという女性と、一度はメーテルを残してサケザンの住みかから逃れたのだが…。

第30話：幽霊世界のフィラメント

ガス状の星・フィラメントで999は、亡霊たちのために停車させられ、鉄郎は亡霊の親子に連れ去られてしまう。子供の亡霊に、鉄郎の肉体を与えて復活させようという魂胆だったが、鉄郎の実情を知ると事態が変わる。

第31話：怒髪星

喧嘩早い住人だらけの怒髪星で、鉄郎は機械伯爵の友人・機械公爵の雇った暗殺者に命を狙われ、豆腐屋に飛び込んだ。鉄郎は人情の厚い豆腐屋を巻き込むのを嫌い、お礼の金貨を置いて立ち去ろうとした。

第32話：停時空間のかじられ星

999号の中で出会った宇宙戦士エドモンドの故郷・甘い甘い星は、かじられたリンゴのような姿をしていた。地面が甘くておいしいために、役人たちによって、売り飛ばされ、醜い姿となっていたのだ。

第33話：ウラトレスのネジの山

ネジを専門に造る星・ウラトレス。鉄郎はそこで出会った女性・ラセンに気に入られ、一緒に暮らしてほしいと部屋に閉じ込められる。逃げ出した鉄郎を追ってきた彼女だが、決して諦めない彼を見て、自分を振り返る。

第34話：プレーテッド・シティの魔女（前編）

プレーテッドという星では、金メッキをしていないのは貧乏人だといわれている。そんな星でメーテルがトランクを奪われた。ホイール・ロックという少年によるメッキ代欲しさの犯行だ。しかし、彼は母親に諫められ…。

第35話：プレーテッド・シティの魔女（後編）

メッキをする習慣に反抗して反乱を起こしたホイール・ロック。彼の母親は、政府に殺されていた。その遺志を継いで金メッキをなくそうとするホイール・ロックに協力する鉄郎は元凶である磁力メッキ塔に乗り込んだ。

第36話：大酋長サイクロプロス

鉄郎たちはゴーストコロニーで、ドクターサイクロプロスと、彼のクローンの大群と出会う。欠陥品のコロニーにより信用を失ったサイクロプロスは、クローンを使い、コロニーの安全性を証明しようとしていた。

第37話：ミーくんの命の館

多くの花と動物たちがいるミーくんの命の館という星は、子供たちにかわいがられていたペットの魂が集められた星だといわれている。そこで、鉄郎はメーテルが襲われていると勘違い。動物たちに対して、銃を向ける。

第38話：卑怯者の長老帝国

卑怯者の長老星で999号はバラバラになってしまう。自分以外は誰も信じられない大統領・デルムカデの仕業だった。機械の体になる勇気もない彼の目的は、鉄郎たちを呼び寄せ、鉄郎の生身の体を手に入れることだった。

第39話：霧の都のカスミ

パスの入ったトランクを盗まれた鉄郎とメーテル。だが、犯人は逃げる途中で倒れてしまう。この星の住人は通常の100分の1の体力しかない。トランクを取り返すことは余裕でできたが、パスは偽物とすり替えられていた。

第40話：球状住宅団の大酋長（前編）

球状の家が集まる球状住宅団星駅に到着すると、メーテルが大酋長にさらわれてしまう。ここの宙域の家主・大酋長に逆らう者などおらず、やりたい放題。助けに向かう途中、鉄郎は星野鉄五郎という人物に出会った。

第41話：球状住宅団の大酋長（後編）

大酋長宅で鉄郎が見たものは、秘密を握られたために、いいなりになるメーテルの姿だった。助けようとする鉄郎だが、宇宙に放り出されそうになる。一方、鉄五郎はかつてさらわれた恋人の死を知って激怒する。

第42話：フィメールの思い出

思い出の顔駅の手前で、フィメールという乗客の女性が、列車を妨害したため、999号は軌道を外れてしまう。そのフィメールは車掌が若い頃の知りあいらしい。さらに彼女はメーテルのことを平手打ちして…。

第43話：嵐が丘のキラ

鉄郎は嵐のやまない星で、パスを奪われる。犯人かと疑ったキラという少年は、無実を主張。翌日、途方にくれる鉄郎の前にキラが現れる。犯人からパスを取り返すためにと、鉄郎と一緒に999号に乗り込む。

第44話：ワルキューレの空間騎行（前編）

枯木の山駅で、青年・プライダーが、恋人のアリスが稼いだお金で、歌で成功するために乗車してきた。すると鉄郎は、恋人に申し訳ないという気持ちも見せず、歌ばかり歌っている彼に腹を立ててしまう。

第45話：ワルキューレの空間騎行（後編）

ワルキューレの母船に連れ去られた鉄郎たちは、脱出を試みるが、プライダーが鉄郎をかばったため、ワルキューレに刺されてしまう。娘を人間に殺された怒りから人の命を奪ってきたワルキューレは…。

第46話：エルアラメインの歌声

古戦場に降り立った鉄郎、ナンミ、そしてメーテル。そこには生体反応を感知して活動する完全自動化された戦車群が放置されていた。ナンミが戦車に撃たれると、今度はメーテルが突然銃口を鉄郎に向ける。

第47話：永久戦斗実験室（前編）

999が停車したのは戦争を観光資源とする星。乗客たちは、本物の戦闘を前に食事をする。そんななか、食事をしていた鉄郎は目の前で兵士の死を目撃する。また彼は兵士・ゼーダに戦闘を喜ぶ客と思われ、命を狙われる。

第48話：永久戦斗実験室（後編）

ゼーダは、女兵士のサンタナの勧めで反乱軍に加わり、自分たちを戦わせて見世物にしている総統に対して戦闘を起こす。ところが、裏切り者・ブルダスの密告によって作戦は敵に筒抜けとなっていた。

第49話：これからの星

鉄郎たちは勤勉な人たちが住む星を訪れた。そこは貧しいながらも、活気にあふれた星だった。泊まった宿の夫婦も働き者で、歓待される。ところが、2人は突発性の台風によってパスと荷物を失ってしまう。

第50話：亡霊トンネル

音を吸収しないトンネルを操る女性・イローゼに999は壊されそうになる。999を破壊されたくなければ一緒に来るように脅された鉄郎は、彼女についていった。だが彼女は、他人が困るのを見て喜ぶアンドロイドだった。

第51話：透明海のアルテミス（前編）

999の路線に、突然巨大生命体が現れる。意志はあるが自力では動けないようで、星にめり込み、999は脱出することもできず、沈んでいく。鉄道警備局は999を救うため、惑星を破壊することを決定するが…。

第52話：透明海のアルテミス（後編）

透明な体の女性・アルテミスは、不定形惑星の娘で、星を離れて機械の体を手に入れようとしていた。しかし、借金を返すために、過酷な労働を強いられていた。彼女は、最期に母の中で眠るために帰ってきたのだ。

第53話：鏡の星の鉄郎

メーテルが、999のパスを持つ、鉄郎によく似ている少年・砂山学を間違えてホテルに連れてきてしまう。砂山学は999に乗って旅をしようと、兄と一緒に必死でお金を貯めてパスを手に入れていたのだ。

第54話：終わりなき夏の物語（前編）

人型の昆虫インセクターの支配する星で、メーテルと鉄郎はインセクターにさらわれ、子供たちのエサとして茹でられる。だが、お湯の温度が上がらず、死なずに済む。するとインセクターは999を繭で包んでしまう。

第55話：終わりなき夏の物語（後編）

鉄郎は卵から生まれたインセクターの赤ん坊を銃撃することができない。999は赤ん坊を乗せたまま発進する。赤ん坊たちは座席や床を手当たり次第に食い散らかすほどすごい食欲で、危機に陥ったと思われたが…。

第56話：冷血帝国（前編）

恐竜の星で、鉄郎は友達になったチビという恐竜に、999に乗せてほしいと頼まれる。小柄とはいえ恐竜サイズの乗車は無理だ。鉄郎が困っていると、今度は、よその星から来た者を快く思わない有尾人に襲われてしまう。

第57話：冷血帝国（後編）

自分のことで鉄郎が困っていることを知ったチビは、恋人のレーデに伝言を頼む。彼の代わりに、鉄郎たちを有尾人の手から助け、伝言を伝えるレーデ。「友達だと思ったのに水くさい」と、鉄郎は不満を漏らすが…。

第58話：足音村の足音

幽霊が出ると噂されている星で、鉄郎は水の幽霊に出会う。やよいという名のその幽霊に言われるままに、木の根元を掘り起こすと、何やら包まれた荷物が出現した。メーテルは鉄郎のことを心配する。

第59話：なまけものの鏡

全部がオートマチック化された快適な星・なまけものの鏡で、人間は何もすることがなく、家も破壊するほど肥えていた。サボリナという女性は、このままではいけないと考え、999に乗りたいと鉄郎に頼む。

第60話：大四畳半惑星の幻想（前編）

明日の星は昔の地球と似ているが、999の存在を知らされていない。そんな星で鉄郎たちは999に乗り込んで宇宙を旅することを夢見る少年・太郎にパスを盗まれる。鉄郎たちが住むところを探すと…。

第61話：大四畳半惑星の幻想(後編)

食べ物にも困り始め、働きだす鉄郎。しかし、パスの再発行は認められず、取り返さなければ、999で旅をすることは不可能に。鉄郎たちはパスを取り戻そうと駅で張り込む。そこに、少年・太郎が姿を現す。

第62話：夜のない街

「完全睡眠法」で、夜に外出することを禁じられた街があった。心優しい怪獣ヘローンを盗撮しようとした男たちの騒動に巻き込まれた鉄郎は、警察に追われる羽目に。999に乗り遅れかける鉄郎の前にヘローンが現れた。

第63話：ヤミヤミの姉妹

暗闇に包まれた星・ヤミヤミで、鉄郎は人工太陽の打ち上げを試みるレランという娘を殺してほしいと頼まれる。もし、人工太陽が打ち上がり、闇が闇でなくなれば、ヤミヤミでどんなことが起きるかわからないという。

第64話：沈黙の聖地

大きな音を立てるのは犯罪になる星・沈黙の聖地で、メーテルに止められながらも鉄郎は999を出てしまう。大声を出して捕まり、訳もわからないうちに処刑されそうになるが、シルビアという女性に救われる。

第65話：交響詩魔女の竪琴

ほとんどの食料を女王に捧げてしまうため、食糧不足にあえぐ星・魔女の竪琴で、知りあったニコライという少年は、わずかな食料のために殺されてしまう。怒りに震える鉄郎は、メーテルと共に女王の島に向かった。

第66話：霧の葬送惑星

葬送惑星では、住民が全て機械化人間で、不老不死であるため、死という意識が薄く、誰彼かまわず無理やり葬式を挙げて悲しい雰囲気を楽しむことが習慣となっている。鉄郎とメーテルは突然襲われてしまい…。

第67話：宇宙僧ダイルーズ

周囲の迷惑を顧みず、修行のために鐘を鳴らし続ける宇宙僧ダイルーズ。その共鳴作用が原因で999は脱線。鉄郎の虫歯もボロボロになってしまう。そのため、緊急医療小惑星に臨時停車することになった。

第68話：好奇心という名の星

惑星・好奇心は、人間を捕まえては、体の中をのぞこうとしていた。999も強制着陸させられ、メーテルを裸にし、さらに彼女の体を切り裂くよう車掌を脅迫する。しかし、鉄郎がナイフで地面を切り裂くと…。

第69話：Ｃ62の反乱

999の機関車であるC62が、客車を置き去りにして走り去っていった。それは鉄郎に課せられた「時間を食べるテスト」らしいのだ。ところが、鉄郎はいつも通り、車掌やメーテルと楽しく過ごしていた。

第70話：心やさしき花の都

美しい花が咲き乱れる花の都の住民は、特殊な防護服を装着していた。一帯に咲く花が、猛毒の花粉を撒き散らしているからだ。住民を毒の花粉から守るためには、死刑覚悟で誰かが花を焼き払う必要があった。

第71話：賽の河原の開拓者

草も木もない賽の河原で、鉄郎たちは、過酷な環境に耐えつつ土地を耕す権兵衛と、星を見捨てようとしている息子・与作と出会う。作物が実るまで不屈の精神で畑を耕す権兵衛だが、怪鳥によって襲撃されてしまう。

第72話：大暗黒星雲アフリカ（前編）

遊星キリマンジャロは、三重連の太陽が照らす、雪に包まれた世界だ。そこで、鉄郎たちは平べったい生命体、ゴースト・ホッパーに拉致されてしまう。科学力を自慢する彼らによって実験動物にされそうになる。

第73話：大暗黒星雲アフリカ（後編）

牢からの脱出に成功した鉄郎たちは、ゴーストホッパーの聖なる女王と出会う。科学力を過信して、傲慢に振る舞った結果、今の姿になったのだという。女王は999の軌道を元に戻すことに協力するが…。

第74話：17億６千５百万人のくれくれ星

住民の全てが物乞いの星を発車した999。すると、物乞いをやめたイカリとナサケという夫婦が乗り込んでいた。物乞いの生活にすっかり嫌気が差し、自力で生きるべく、他の星に移ろうとしているのだった。

第75話：水の国のシャイアン（前編）

「要求に応じなければ、列車を爆破する」と、メーテルさえ知らない謎の惑星からの通信で、999は強制着陸を余儀なくされた。そこは星のほとんどが海面に覆われた海洋惑星で、999を強制着陸させたのは大統領だった。

第76話：水の国のシャイアン（後編）

大統領・ウォータープレスとの決戦を決意した酋長・ナバロ。999で惑星を脱出した宿敵・ウォータープレスらを旧式の宇宙船で追撃しようとする。一方、999からの救援信号で、管理局はトレインジャックに気づく。

第77話：喰命聖女（前編）

鉄郎とメーテルは永遠に雨が降り続く街に下車して、ホテルにチェックイン。そこでは、999に同乗していた他の客たちが騒ぎを起こしていた。お遍路の男が夜中に経を唱え、他の乗客たちに迷惑をかけたのだった。

第78話：喰命聖女（後編）

宇宙で最も美しい存在であり、永遠に美しくあり続けるために命の火をのむ。そう鉄郎に告げたクーフレームは、メーテルの命の火を欲していた。彼女の下部である旅館の老婆とアークはメーテルを狙う。

第79話：時間城の海賊（前編）

惑星・ヘビーメルダーを通過すれば、地球の管理局からアンドロメダの管理局に権限が移るという。到着する直前、鉄郎たちは乗りあわせたマントの男と出会う。彼は、貴重な銃・コスモガンのひとつを所持していた。

第80話：時間城の海賊（中編）

鉄郎は、「メーテルは時間城の海賊と決闘をするために時間城に向かった」とレリューズに教えられた。酒場で聞き込みをするも、時間城の支配者、キャプテン・ハーロックを恐れて誰もまともに取りあおうとはしない。

第81話：時間城の海賊（後編）

鉄郎は過去の時間に落とされた。抵抗空しく、彼の母は過去と同じように惨殺された。「時間の流れは何があっても変わらない」ことを再認識すると鉄郎は、レリューズの導きで、やっと通常の時間の流れへと戻る。

第82話：短かな生命の物語

次の停車駅は蝶の夢。そこでは、蝶の羽を持つ優雅な人々と、彼らが「下賎な者」と蔑む羽を持たない人々が同居していた。蝶の羽を持つ人たちは、寒い風が吹く季節で寿命を終えてしまう短命の民族だった。

第83話：第３生命帯

第一惑星ザバと第四惑星マヤは戦争の真っ最中だ。999はその近隣惑星第五惑星に停車するはずだったが、第五惑星爆発の知らせを受けて第三惑星への緊急停車を余儀なくされる。鉄郎とメーテルは謎の猿人から襲われる。

第84話：巨象の星

鉄郎は999の窓外にメッセージボトルを発見。それは惑星アルカディアを冒険する探検家・スタンレーのものだった。スタンレーたちは伝説の巨象・ホノウを追っていたという。その手紙からは困難な状況がうかがえた。

第85話：愛の幻影惑星

幻影惑星・つかの間の恋。停車時間は38時間14分だ。メーテルを見失った鉄郎は、路上でポエムを売る女性・ナヤに遭遇。彼女はその場所からうかがえるアパートの一室に住む画家志望のレステルのことが気になっていた。

第86話：親知らず星のＵＦＯ

次の停車駅は親知らずの星。この惑星では多くの若者たちが家出しており、停車駅付近には子供の帰りを待ちわびる親たちが、常に押しかけていた。鉄郎たちが宿泊する旅館でもそこの息子が家出していた。

第87話：海からきたエルザ

常に軍事演習をしている惑星・神の造りたまいし星。スパイや密航者など乗客のチェックも厳しい軍事国家だ。海底都市を築いて逃れていたスラロイド族と、同族を軽蔑しているブリッテン族は対立関係にあった。

第88話：運命の分れ星

運命の分れ星では、これまでに消滅しようとしている惑星から逃れた人々が、原始時代と同じような生活を送っていた。腕力によって動物を狩猟し、剥いだ毛皮をまとうという、あの石器時代のようである。

第89話：ガンマン哀歌

縛り首の星はまるで西部劇に登場するような荒野の町だ。そこで鉄郎はトラブルに首を突っ込む。採掘された金をめぐってホワイト、ブラックの一味が対立していたのだが、鉄郎はブラック側に誘われて用心棒にされる。

第90話：アンドロメダの雪女（前編）

アンドロメダの入り口にあたるのが、惑星スノーインカ。鉄郎は「目を合わせただけで命を奪ってしまう」という雪女の噂話をメーテルから聞かされる。下車するなりメーテルが鉄郎を案内したのはラーメン屋だった。

第91話：アンドロメダの雪女（後編）

鉄郎を探すメーテルは、機械の体の押し売り・スノーロックという小男と出会う。そんな頃、鉄郎は雪女から、「見たら死ぬ」という噂話がブローカーの小男が流したデマであることを教えられていた。

第92話：海底都市の最期

虹の帯の星は、臆病な知事による核戦争によって、人々が海底での生活を余儀なくされていて、その都市すらも崩壊しようとしていた。鉄郎がホテルで知りあい、世話になった従業員・正は、移住用のパスを入手する。

第93話：昆虫惑星の螢子

昆虫惑星は近頃、謎の殺人事件が多発していて注意が必要だった。下車した鉄郎とメーテルはサラリーマンの殺害現場に遭遇。昆虫に同情し、味方する女性・螢子が何やら事件の鍵を握っているようだった。

第94話：ヤーヤボールの小さな世界（前編）

機関車のコンピューターが異常を感じ取る。何者かが空間軌道をねじ曲げたらしい。それが妨害工作だと知らされた車掌は、さらに悪名高いヤーヤボールの小さな世界が次の停車駅であることを機関車から告げられる。

第95話：ヤーヤボールの小さな世界（後編）

旅の理由を聞き、ヤーヤボールは改めて自分にはない鉄郎の強さを実感。自分より優れていることを理由に殺そうとする。一方、メーテルはかつて事故で死んだはずのヤーヤボールの母が生きていることに納得できず…。

第96話：フライング・クロ（前編）

クイマに到着。車掌の「食事なら銀河鉄道指定のところに」という忠告を受けてホテルにチェックイン。この惑星には、キャッツ・ロイドという機械化されたネコと、フライング・クロという空飛ぶ生身のネコ一家がいた。

第97話：フライング・クロ（後編）

鉄郎とメーテルは、キャッツ・ロイドを追った先で、ミャウというキャッツ・ロイドの主人で、ポリスから身を隠しているというネコアという女性と出会う。彼女は鉄郎に、ポリスの非道さを涙ながらに訴えた。

第98話：宇宙に残った一冊の本

停車駅である、忘れられた者の星。この星は、これから消滅する惑星だった。容赦なく照りつける太陽で都市は荒廃。人々は惑星から脱出するための準備に追われ、脱出資格を得ようと申請書を持ち役人へと押し寄せる。

第99話：四次元エレベーター

ビルが地上と地下に極限まで伸びたところに存在する底なし都市。そこでホテルにチェックインした鉄郎とメーテルだったが、ホテルのエレベーターは「使わない方がいい」と言われる。しかし鉄郎は、乗ってしまい…。

第100話：ルーズゾーンの妖怪

999は車掌すら怠惰な気分に陥るルーズゾーンへと突入。同様にルーズな気分に蝕まれた鉄郎は、999の車外へと投げ出された。必死にしがみついていた鉄郎だが、メーテルたちの捜索の甲斐もなく、振り落とされてしまう。