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第1話：終戦

アストラギウス銀河の百年戦争の末期。キリコは、小惑星リドにある味方基地へ攻撃するという不可解な作戦に参加する。基地内で出会ったカプセルに眠る謎の女性「素体」を奪取することが作戦の目的だった。

第2話：ウド

終戦から半年が過ぎ、キリコはウドの街に流れ着いていた。そこは、レアメタルであるヂヂリウム採掘の利権を暴走族のブーン・ファミリーが一手に握り、人々を強制的に働かせる地獄のような街だった。

第3話：出会い

闇商人のゴウトに拾われたキリコは、少女・ココナと闇商人・バニラと出会う。腕が立ちそうなキリコに目をつけた3人だったが、キリコは来るべきブーン・ファミリーとの戦いに備えATの修理にいそしんでいた。

第4話：バトリング

キリコはゴウトに勧められ、AT同士の賭け試合が行われるバトリング会場に行くが、そこで繰り広げられるAT同士の戦いは遊びにしか映らない。キリコはAT乗りとの確執からバトリングに参加することとなるが…。

第5話：罠

治安警察に身柄を拘束されたキリコは薬物を投与されながらの尋問に耐え、さらに厳しい拷問を受けていた。そして、バトリングで見せたキリコの腕に未練を持つゴウト、バニラ、ココナは治安警察からキリコを奪還する。

第6話：素体

治安警察の攻撃をかいくぐり、キリコはゴウトらと共にバニラのアジトへと逃げ延びた。自分が狙われる理由を知るためキリコは単身治安警察へ潜入し、捕らえたイスクイと共にヂヂリウム保管庫へ向かう。

第7話：襲撃

ヂヂリウム搬出の情報を得たキリコは、ゴウト、バニラと共にその強奪を目論む。一方、メルキア軍のバッテンタイン中将が情報将校・ロッチナに「素体」の奪還を命じ、ロッチナは直ちにウドの街へ向かう。

第8話：取引

ヂヂリウム強奪に成功し、ゴウトたちは狂喜する。しかし、ウドの街は治安警察によって完全に封鎖されていた。ゴウトはイスクイとの取引をまとめ、取引の場所となるコロシアム跡でイスクイを待つ。

第9話：救出

謎のATに倒され治安警察の手に落ちたキリコを救うため、ゴウト、バニラ、ココナは強奪したヘリで護送車を襲撃するが失敗。諦めようとするゴウト、バニラに対し、ココナはあくまでもキリコ救出を主張する。

第10話：レッド・ショルダー

徹底的な掃討作戦に出た治安警察。何とかアジトから脱出し、イスクイと対決する意志を固めたキリコは、AT調達のためバトリング場へと向かい、そこで組み上がったATの肩を戯れに赤く染め上げた。

第11話：逆襲

無人ATをおとりにし、治安警察の厳重な包囲網を撃破したキリコは、治安警察本部ビルへ向かう。迎撃命令を拒んだ「素体」の記憶を検証したイスクイとボローは、空白であるはずの彼女の記憶にキリコの面影を発見した。

第12話：絆

小惑星リドで出会ったプロトワンと呼ばれる女性は、戦闘用の作られたPSだった。キリコとプロトワンが激しい闘いを繰り広げる一方、ロッチナはイスクイの捕獲を命じ、バッテンタインに援軍を要請する。

第13話：脱出

治安警察本部ビルは、ウドの街に降下したメルキア軍AT部隊に包囲される。イスクイが抗戦している間に、フィアナはボローに連れられヂヂリウム保管庫に逃げ込み、現れたキリコにフィアナは同行できないと告げた。

第14話：アッセンブルEX-１０

ウドの街が崩壊して3カ月。政府軍の傭兵となるためクメン王国に来たキリコは、傭兵基地・アッセンブルEX-10でゴウトと、基地近くの歓楽地・ニイタンでバニラ、ココナと再会したが安らぎは長くは続かなかった。

第15話：疑惑

青いAT・スナッピングタートルに搭乗していたのがPSだと見破ったキリコは、その操縦者がフィアナだと信じ、操縦席から身を乗り出してアピールするが撃破されてしまう。そしてキリコはスパイだと疑われる。

第16話：掃討

カン・ユー率いる特別部隊は、ゲリラの根拠地攻撃のためムナメラ河上流のゾンム村へ出撃した。そこでの戦闘中、ゲリラの中にスナッピングタートルを認めたキリコは、メルキアの軍用メッセージを送る。

第17話：再会

青いATを操るPS・イプシロンが猛攻撃に出た。カン・ユーはキリコを見捨て、基地へと帰投する。キリコは、かつてのクメン王国第3王子・カンジェルマンの宮殿へ潜入し、そこで予期せぬ決闘を行う羽目になる。

第18話：急変

満身創痍でEX-10に帰還したキリコをカン・ユーは尋問にかけようとするが、ゴウトの機転により追求を免れる。一方、クメン王国はメルキア連邦との和平を成立させ、それを受けてビーラーゲリラの侵攻が始まった。

第19話：思惑

キリコの予想が的中した。ニイタンの街は、ビーラーゲリラにより大きな痛手を受けてしまう。キリコはカン・ユーに命令違反で告発されたものの、ゴン・ヌーにそれを退けられてロッチナに引きあわされる。

第20話：フィアナ

特殊部隊はムナメラ河を遡行し、船上でキリコは回想する。小惑星リドでの不可解な作戦、ウドでのゴウト、バニラ、ココナとの出会い。バトリングに出場し、治安警察本部で再会したフィアナのことなどが頭をよぎる。

第21話：溯行

ムナメラ河を遡行する特殊部隊の真の目的を知るキリコは、到着後の部隊の指揮を任されていた。そして、上陸した特殊部隊を率いるカン・ユーがキリコの言葉を無視したことにより、戦いが始まってしまう。

第22話：触発

ゴン・ヌーからの新たな指令により、特殊部隊はヘリを使って移動することとなった。だが、敵との小競り合いが原因で位置を知られてしまい、キリコたちの部隊は輸送船に乗り換えて三日月湖を進軍する。

第23話：錯綜

墜落したヘリから逃亡したフィアナを追ってイプシロンも行方不明となり、イプシロンはビーラーゲリラからフィアナを守る。そこへ到着したキリコはゲリラを撃退するが、フィアナはカン・ユーに捕らえられてしまう。

第24話：横断

フィアナと共にカンジェルマンの宮殿を目指すキリコ。傭兵仲間も合流し、ポタリアとキデーラはそれぞれの理由からキリコと行動を共にし、キリコたちはビーラーゲリラが砦としている古城にたどり着いた。

第25話：潜入

ゴン・ヌーはカン・ユーから現状を報告され、宮殿を突破した混乱に乗じてのPSの奪取を画策。一方、決戦を前に士気が上がらないビーラーゲリラたち。そして、宮殿に潜入したキリコたちと守備隊間の戦闘が始まった。

第26話：肉迫

ゴン・ヌーたちの総攻撃により奥クメンは激戦に包まれる。ポタリアは本宮殿を捨てて離宮に逃亡したカンジェルマンを追う。また、新型ATのストライクドッグを駆るイプシロンにカン・ユー率いるAT部隊が挑むが…。

第27話：暗転

キリコとイプシロンの対決が始まり、イプシロンはATでの戦闘に続いて生身での対決に挑もうとする。2人の対決を阻止しようとするフィアナはPSの宿命にあらがい、イプシロンに銃を向けて引き金を引く。

第28話：運命

物語の始まりをたどる総集編。小惑星リドでの秘密作戦に参加したキリコは謎の女性を目撃。このため情報部から激しい尋問を受け、メルキア軍から脱走したキリコは欲望と暴力と秘密がうごめくウドの街に逃げ込んだ。

第29話：二人

シャトルでクメンを脱出したキリコとフィアナは、謎の戦艦Xの中にいた。自動航行を続ける無人の艦内は全ての機能がロックされており、この閉鎖された空間によって、2人はそれぞれの想いを育んでいく。

第30話：幻影

バララントの警備艦2隻と20機のATを単独で撃破したキリコ。その戦闘力をPSだと判断したバララント首脳部は追撃を命じた。一方、メルキアでキリコたちの行方を追うロッチナは、バッテンタインに更迭されてしまう。

第31話：不可侵宙域

AT戦ではバララント軍に対して圧倒的優位だったにもかかわらず、倒れた敵に自身の姿を見たキリコは被弾してしまう。フィアナはキリコを戦艦Xの医務室に運び、艦内に潜入した敵に1人で立ち向かう。

第32話：イプシロン

フィアナは、自分が投降することでキリコを見逃すようバララントと交渉を持ちかけるも叶わず、秘密結社によってバララントの宇宙艇が破壊されてしまう。キリコは自分の運命を変えた秘密結社の戦艦テルタインに憤る。

第33話：対決

キリコは、フィアナの協力でイプシロンとの対決を乗り切った。テルタインの部隊は、イプシロンを回収すべく一時撤退する。常人ではありえないスピードで回復したキリコは、ここが惑星サンサであることを知った。

第34話：惑星サンサ

戦艦Xを脱出したキリコたちを包囲した謎の一団は、この星の兵器の残骸を集めて売り飛ばすゾフィー率いる再生武器商人だった。キリコとフィアナは、ゴウトの仲裁によって彼らのアジトに招かれる。

第35話：死線

イプシロンとキリコとの対決と時を同じくして、サンサ衛星軌道ではバララント軍がテルタインへの攻撃を開始。地上ではイプシロン隊が絶体絶命の危機を迎え、あおりを食ったゾフィーのアジトは壊滅してしまう。

第36話：恩讐

ヂヂリウム欠乏のため体調がすぐれないフィアナを背負い、補給基地跡を目指すキリコ。そんな2人を、レッド・ショルダーに深い恨みを抱くゾフィーが狙うが、キリコはゾフィーに酸素ボンベを分け与える。

第37話：虜

キリコたちはバララント軍の襲撃に備えるも捕らえられる。しかもこの作戦を指揮するバララントの司令官は、かつてのギルガメスの将校・ロッチナだった。ロッチナはゴウトたちを解放する条件をキリコに提示した。

第38話：暗闇

イプシロンとの対決の最中、弾薬庫の爆発によってキリコとイプシロンはがれきの下に閉じこめられてしまった。出口を探しながら、キリコはなぜ自分がプロトワンをフィアナと呼ぶのか、答えられない疑問に気づく。

第39話：パーフェクト・ソルジャー

キリコとイプシロンの再戦を第三者が止めることはできず、約束の場所、スグレ・クレーターに到着したキリコをイプシロンが襲う。同じ頃、ギルガメス軍のバッテンタインは宇宙艦隊の出撃を決意する。

第40話：仲間

サンサ編の総集編。キリコとフィアナは内乱が続くクメンからシャトルで脱出するが、何者かにより無人で突き進む戦艦Xに取り込まれてしまう。戦艦Xはバララントの宙域へと侵入し、2人は戦うことを余儀なくされる。

第41話：クエント

ロッチナの言葉に従い、惑星クエントを訪れたキリコは砂漠を彷徨いながらゴモルにたどり着いた。そこで傭兵センターに潜入し、クエント人の代表と対面するが、キリコは麻酔弾で撃たれて拉致されてしまう。

第42話：砂漠

クエントの衛星軌道上で秘密結社の戦艦が待機する。アロンとグランは慎重なキリイを出し抜こうと考えていた。同じ頃、クメンでの戦友・シャッコと一緒に砂漠を渡っていたキリコは、シャッコの故郷である村を目指す。

第43話：遺産

キリコはシャッコの故郷である村へたどり着き、シャッコに睡眠薬を飲まされて妖しげな儀式を施される。翌日、目が覚めたキリコに対し、村長はキリコが「手を加えられた民」なのではないかと告げた。

第44話：禁断

キリコを追撃してきたアロンたちは、洞窟の奥で古代の超科学プラントから発した光に包まれ消え去り、ゴモルの街へ移動されてしまう。超科学の偉大さを体感したアロンたちは、その重要性をキリイに力説する。

第45話：遭遇

秘密結社のAT部隊は謎の光に包まれて消滅。その原因がATの動力にあると看破したキリコは、ATの動力を切ることで難を逃れる。その頃、バララントの艦隊とギルガメスの艦隊がクエントへと向かっていた。

第46話：予感

クエントの衛星軌道上で、バララントとギルガメスの艦隊がにらみあう。その両軍司令官のゴモル宇宙港での会談により、ロッチナと行動を共にしていたフィアナはギルガメス軍に引き渡されることになった。

第47話：異変

ギルガメス艦隊とバララント艦隊の戦闘は、圧倒的な戦力差でバララント軍の敗戦が色濃くなっていた。しかし、両軍の戦闘が惑星クエントの自動防衛システムを誘発し、無数の火球が両軍の艦隊を消滅させてしまう。

第48話：後継者

秘密結社の戦闘母艦は謎の存在・ワイズマンに操られ、巨大な人工天体に到着。キリコはキリイに連れられて最深部まで行き、自分が生まれながらのPS「異能者」であり、ワイズマンの後継者であることを知らされる。

第49話：異能者

アストラギウス銀河を支配するワイズマンの後継者となることを決めたキリコに対し、フィアナたちは説明を求める。だがキリコは取りあわず、4人を幽閉してしまう。そしてキリコは決起し、再びクエントを目指す。

第50話：乱雲

脱出を果たしたフィアナとゴウトたちは惑星クエントに不時着し、神の子の到来を待つシャッコに出会う。アロンによる反乱を制したキリコも無事にクエントに到着し、シャッコと共にゴモルの中枢へと進む。

第51話：修羅

迫りくるギルガメスとバララントの大軍。キリコは、わずかな手勢のみながら連合軍の包囲網を突破した。ATは次々に倒され戦闘母艦も撃沈。キリコは全てを失いながらもワイズマンの待つ地下プラントの最深部へと迫る。

第52話：流星

フィアナのATをも撃破し、ワイズマンのもとへ到達したキリコ。その全てが継承されようとした時、彼はワイズマンの記憶回路を次々と破壊する。これまでのキリコの非情な行動はワイズマンを欺くための作戦だったのだ。