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第1話：アクマを狩る少年

アレン・ウォーカーはAKUMAを破壊するエクソシストとして正式に認められるため、黒の教団へと足を運ぶ。その道すがら、女性警官のモアに職務質問を受けた。付近では旅人の行方不明事件が多数起きていて…。

第2話：黒の教団

エクソシストの総本部、黒の教団の門前にアレンが到着する。監視カメラでその様子を見ていた黒の教団内部から、門番の身体検査を受けるよう指令が下され、不気味な大きな顔の形をした扉が、アレンを調べ始める。

第3話：マテールの亡霊

アレンは黒の教団のエクソシストになり、けんかの絶えない同じエクソシストの神田ユウと組むことになった。そして室長のコムイ・リーより、南イタリアで発見されたという神の結晶の回収を命じられ、動き始める。

第4話：土翁と空夜のアリア

アレンはレベル2に進化したアクマに苦戦していた。このアクマは鏡のように対象物を写し取り、能力までもコピーする力を持っていて、アレンは自分の姿と左腕のイノセンスの能力をコピーされてしまう。

第5話：子守唄を聞かせて

イノセンスを所有していたのは、グゾルではなくララの方で、彼はイノセンスの力により生命を得た人形だったことが判明。ララはグゾルの死期が近いこと、グゾルの死まで自分は彼の人形でいたいとアレンに話した。

第6話：災いを呼ぶもの

アレンは回収したイノセンスを黒の教団に持ち帰る途中、アクマに襲われていたジャンを救う。ジャンはアレンを見て、本物のエクソシストを見たと気分を高揚させた。実はジャンの父親は黒の教団に在籍していて…。

第7話：記憶の墓標

ジャンの親友・レオは、千年伯爵によってアクマになっていた。アレンは千年伯爵を前にして、左手のイノセンスを開放し、戦闘態勢に。そこに駆け付けたリナリーとトマの前で、千年伯爵は大声でアレンに語り掛ける。

第8話：黒の教団壊滅事件!?

黒の教団の科学班は、徹夜の作業で疲れ果てていた。そこへコムイが万能ロボット・コムリンIIを発明したと駆け込んでくる。これで科学班の仕事もかなり楽になると聞き、科学班のメンバーたちは歓喜するのだが…。

第9話：巻き戻しの街

とある街へイノセンスを探しに向かうよう、アレンとリナリーに指令が下る。その街では時間が巻き戻り、同じ日を何度も繰り返すという現象が起きていた。そんな中、ミランダ・ロットーをアクマから救い出し…。

第10話：不幸な女のイノセンス

ミランダはイノセンスに接触している可能性のある人物として、アクマの標的にされていた。アレンとリナリーはミランダを守るため、彼女の家を訪問。自らのことを内気でドジだというミランダは、自虐的になっていた。

第11話：ミランダ・ロットーの思い

奇怪が起こる巻き戻しの街で、ノア一族と名乗る少女のロード・キャメロットが作った異空間に、アレンたちはとらわれの身となってしまう。またロードは、千年伯爵やアクマの仲間であるが、自分は人間だと言う。

第12話：そして街に雪が降り・・・

イノセンスはミランダの大切にしていた古時計だった。そしてミランダはイノセンスの適合者でもある。イノセンスはミランダの意識によって発動し、傷ついたアレンとリナリーの時間を元通りにするのだった。

第13話：団服と共に

謎に包まれたノアの一族のロード・キャメロットによって深い傷を負ったアレンだが、駆け付けたコムイとブックマンと呼ばれるエクソシストにより傷が癒える。しかし集中的に攻撃された左目は回復せず…。

第14話：復活の葉

アレンは、出会ったばかりのエクソシスト・ラビと険悪な仲の神田とパーティーを組んで、コムイから通達された任務を遂行することになった。その任務というのは、とある地方で起きている異常気象の調査だ。

第15話：吹雪の果て

イノセンスの匂いを嗅ぎ付けて集まってきたアクマたちとアレンたちが対峙。しかしエルダとフレイをかばいながらの戦闘だったため、劣勢となる。避難した小屋で、エルダは復活の葉について告白する。

第16話：千年の剣士

コムイの元にローマでイノセンスが発見されたという情報が伝わってきた。しかし、そのイノセンスがある闘技場の周りには大量のアクマが存在していて、中に入ることができない。近くにいる神田とも連絡が取れず…。

第17話：剣士たちの誇り

ビットリオに切りつけられ、神田は重傷を負ってしまう。ビットリオは神田にとどめを刺そうと近づいてきた。アレンがそれを防ごうとビットリオに攻撃を仕掛けるが、少しもダメージを与えることができなかった。

第18話：リナリーの恋

黒の教団のアイドルであり、兄・コムイにとっては目に入れても痛くないほどの可愛い存在のリナリーが、街に買い物に行くと言いだす。しかも一緒に行くのが何と科学班のラッセルで、コムイはたいそう驚く。

第19話：孤城の吸血鬼

コムイから消息不明中のクロス元帥を探し出してくるようにと指令を受けたアレンとラビは、汽車に乗ってある村に向かう。すると村人たちが集まってきて、クロウリーという吸血鬼を退治してほしいと言われる。

第20話：がんばれエクソシスト様

アレンとラビは「この村にある古城には吸血鬼がいる」と村人から聞いていたが、半信半疑でいた。しかし、目の前に鋭い牙をむき出しにして村人に襲い掛かる吸血鬼・クロウリーの姿を目撃して、戦闘態勢に入る。

第21話：クロウリー、襲撃

村人たちから恐れられるクロウリーと対峙するアレン。その戦いの中でアレンはクロウリーに対して疑問を抱く。それはクロウリーが襲った村人たちにアクマである証拠のペンタクルの文様が浮かんでいたからだ。

第22話：エリアーデの真実

左目の能力を取り戻したアレンは、エリアーデがアクマだと見透かす。それを機にアレンとエリアーデが戦闘を開始。一方、クロウリーと戦い続けているラビは、巨大な槌を振るうが、簡単に受け止められてしまう。

第23話：ワタシが愛した吸血鬼

クロウリーは自分がエクソシストであり、長年一緒に連れ添ったエリアーデがアクマであるのを知ってしまう。そしてクロウリーはエリアーデに戦いを挑み掛かる。その頃、アレンとラビは食人花に手を焼いていた。

第24話：クロウリーの旅立ち

イノセンスの適合者として、アレンやラビと黒の教団へ向かうことになったクロウリー。長年自分の住まいである城に引きこもっていた彼は見る物、触る物全てが初めてだった。やがて、大暴走して騒ぎを起こし…。

第25話：元帥の鎖

コムイの命令により、元帥の内の1人・イエーガーの元に荷物を届けることを任されたアレン。しかし、待ち合わせに指定された場所のオランダにはイエーガーはおらず、彼はイノセンスを追ってベルギーに行ったという。

第26話：終末への幕開け

イエーガー元帥と友好を深めたアレンは、晴れやかな気分で黒の教団に戻る。しかしその途中、黒の教団本部からイエーガーがアクマたちに襲撃されたという情報が入り、アレンはリナリーと共に救出に向かう。

第27話：わが師、クロス元帥

イエーガー元帥が襲撃されるという事件がきっかけとなり、クロス元帥を探し出して護衛するという任務を言い渡されたアレンとリナリー。2人はクロスにゆかりのある土地・リバプール方面へと急行する。

第28話：エクソシスト・クロウリー

クロウリーがエクソシストになって初めての任務に就くことに。付き添いのラビ、ブックマン、トマと共に、住人が姿を消しているという村へと足を運んだ。そして、村にはレベル2のアクマの姿があり…。

第29話：魂を売る者・前編

リバプール方面へと向かうアレンとリナリーたちの目的は、修行時代にクロスと共に世話になったマザーに会うことだった。そして彼女にクロスの行方を聞こうとしていたが、途中でアクマの群れに襲われてしまい…。

第30話：魂を売る者・後編

リナリーは、街で大量発生するアクマの原因は病院だとにらんだ。一方アレンは、恋人を亡くしたリーザという女性に付き添い、彼女が悲しみのあまり亡くなった恋人をアクマとして復活させないように注意していた。

第31話：迷子のミランダ

エクソシストになると決めて故郷を離れたミランダだが、お付のファインダーとはぐれてしまい、黒の教団に到着できないでいた。財布もすられてしまい呆然としていると、旅芸人・ゲイリーとイザベラたちに救われる。

第32話：なぞの幽霊船

クロスを捜して旅を続けるアレンだが、海を渡ろうとすると定期船が海賊船に沈められていて前に進めないでいた。そこで宿に泊まると、その宿の一人息子・アーチによって、ティムキャンピーが捕獲されてしまう。

第33話：魔女の棲む村・前編

神田は仲間のエクソシストからドイツ北部のダンケルン村の先にある街に元帥がいると聞いて、その街に向かう。途中には、帰らずの森と呼ばれる、入ったら出られないという森があったが、構わず突き進むと…。

第34話：魔女の棲む村・後編

アクマを倒し、帰らずの森の奥にあるダンケルン村に無事に潜入する神田とゴズ。村外れの池のほとりで、ソフィアという少女と出会った。彼女とその父から、この村に伝わる忌まわしい魔女伝説の話を聞かされる。

第35話：風をまとうエクソシスト

リナリーは、再びアレンと合流するために、スペインに足を向ける。そのためにはシュバルツバルトという森を抜けなければならないが、その森は狼による犠牲者が後を絶たない。それでもリスナーは森に分け入り…。

第36話：闇の帳(とばり)

元帥を捜すため、スペインへ向かう列車に乗り合わせるアレンとリナリー。だが、その列車が大量のアクマに襲われた。2人は何とかアクマに勝利したものの、広大なオリーブ畑の中で激しい空腹に耐えることになる。

第37話：隣人の鐘～チャリティベル～

ティエドール元帥を捜してバルセロナへ急ぐ神田とデイシャ。その途中、見晴らしの良い高台があり、青い海と空が広がっているのを目にする。デイシャは故郷の海辺の街での日々を思い出し、少年時代を回想していた。

第38話：フロワ・ティエドール

バルセロナはティエドール元帥がいるとされる街だが、元帥を狙うアクマたちが潜んでいて、未曾有の危機に瀕していた。バルセロナの街に詰めていたファインダーたちは、アクマたちの侵攻を阻止すべく動くが…。

第39話：沈黙の棺

バルセロナがアクマたちに襲われたという報を受けた頃、アレンとリナリーは街に到着。彼らを出迎えたのは大量の棺で、仲間たちのファインダーの死体ばかりだ。アレンとリナリーは呆然と眺めるのみだった。

第40話：鎮魂の薔薇

バルセロナでの大戦闘から数日後、アレンとリナリーはローズドリナという街に行き、ラビとクロウリーと落ち合う。ローズドリナの街はちょうどバラ祭りと呼ばれる祭典の最中で、活気に満ちていた。

第41話：新たなる刺客

クロス元帥を追ってボスポラス海峡までやってきたアレンたちだが、天候に恵まれず、海峡を前に膠着状態に。そこで宿を求めるが、街の宿は同じ境遇の旅人たちであふれていた。アレンたちは衰弱して倒れそうで…。

第42話：黒猫の罠

海峡を渡りアジアに入ったアレンたちを狙うのは、ノアの一族の1人・ルル＝ベルとその部下でレベル2のアクマ・ミミだった。ルル＝ベルは変身という特殊能力を使ってリナリーに化け、アレンたちに密かに近づき…。

第43話：さまよえる石像

ノアの一族のルル＝ベルの策略によってアレンとクロウリーは、ラビ、リナリーたちと引き離されてしまう。リナリーたちと合流するために旅路を急ぐが、途中、若い男・セリムが村人たちから叱責される場面に出くわす。

第44話：鉄扇の侍女

ルル＝ベルによって引き離されてしまったもう一方のリナリーとラビは、アクマとの戦いで毒らしきものを体に浴び、その影響で弱りきっていた。ラビはそんなリナリーを気遣いながら、アレンたちとの合流を目指す。

第45話：奇妙な館

新たなエクソシストとイノセンスを捜して旅を続けるティエドール元帥、神田、マリはチェコのとある地方にやってきた。そこで一行は建築家志望の青年・クラウスに出会い、ヤーンの屋敷という不思議な家の話を聞く。

第46話：白銀の幻影

コムイを通じて、ラビとリナリーがブックマンと共に中国に向かっているという情報を得たアレンとクロウリー。合流するにはヒマラヤ山脈を越えなければならず、シェルパの村で山の案内人を捜していると…。

第47話：水晶の少女

ついに合流を果たすアレンたち。5人は中国・麗江の街にやってきた。その街は奇怪現象ともいえる水不足に悩まされていて、アレンたちは情報収集に動き出す。一方、ラビたちは水源の調査を行っていた。

第48話：揺れる適合者

アレンとリナリーは、レベル2のアクマに連れ去られてしまったメイリンを捜索。一方、ブックマンはメイリンの祖父から情報を聞きだしていた。祖父によると、メイリンは未来を占う能力があり、最近悩んでいたと言う。

第49話：ルル＝ベル様の鈴

メイリンがイノセンスの適合者であり、未完成ではあるが厄介な力を持っているという報告を受けた千年伯爵は、ルル＝ベルに詳しく調査せよと指令を下す。すると、ミミが自らその任務を買ってでる。

第50話：一途な想い

メイリンが持つイノセンスの能力を探るために動くミミだが、ルル＝ベルに認められたいという気持ちが事態を悪化させ、アレンたちに襲撃される。結局、ルル＝ベルによって助けられたミミだが、心に傷を負ってしまう。

第51話：出航、東へ

コムイから、メイリンが無事故郷に帰ったことを聞き、さらにクロス元帥の無事も知った一行は、広州へと歩みを進める。そして、クロス元帥の足取りをたどり、天青楼で、店主のアニタ、マホジャと出会う。

第52話：来襲

左目が反応したアレンがマストに上がり遠方を確かめると、空を覆う黒い塊が猛烈な勢いで船に近づいてきた。それは凄まじいほどのアクマの大群で、一瞬のうちに甲板は戦場と化してしまうのだった。

第53話：咎落ち

アクマの大群は白い巨大な物体に次々と攻撃を仕掛け、物体の胸の部分に穴が開き、そこから人間の上半身が見て取れた。リナリーは、「スーマン」と半信半疑のうちにつぶやき、やがて激しく取り乱してしまう。

第54話：終わりの夜のはじまり

咎落ち状態のスーマンの内部に取り込まされたアレンは、スーマンの実体というべき存在と遭遇する。アレンは破壊行動をやめるよう迫るが、スーマンはエクソシストと神への怨念が凄まじく、全く聞き入れない。

第55話：叫び

咎落ち状態のスーマンの暴走は止まらず、アレンが食い止めようとするがうまくいかない。村は破壊されて炎に包まれ、人々は叫びながら逃げ惑うばかりだ。その時、スーマンは親の死を悲しむ少年の叫びを耳にして…。

第56話：デリート

アレンの目の前で、突然スーマンが死んでしまった。唖然とするアレンの前に蝶々の群れと共に謎の男・ティキが姿を現す。アレンはその男がノアの一族であることを察知し、早速攻撃するが、軽く受け止められてしまう。

第57話：消失と再会

姿を消したアレンを捜索するリナリーたち。するとアクマたちに追われているティムキャンピーと出会う。リナリーとラビはアクマを撃退し、ティムを保護して手掛かり得るため、内部に記憶されている映像を解析する。

第58話：アジア支部

見覚えのない部屋で目を覚ましたアレンは、ボロボロの体にも関わらずアクマたちが集う戦場へ戻ろうと躍起になる。そんなアレンにアジア区支部長のパク・チャンが、とある提案を持ち掛けるが…。

第59話：誓いの道

イノセンスを復活させようとするアレンだが、粒子化したイノセンスは実体化する前に消えて無くなってしまう。そこでアレンは、パク・チャンの考えた方法でイノセンスの変化を待ってみることにした。

第60話：題名ータイトルー

江戸に向けて船を進めるラビやリナリーたちだが、突然、船の甲板が何者かの手によって破壊されてしまう。さらにミランダのイノセンスの能力・時間回復が機能し始める。みんなが甲板に掛け付けると爆発が起き…。

第61話：沈む黒

現れたアクマ・エシは、ブックマンの攻撃を簡単にあしらう。その強さを目の当たりにしたラビは、エシがレベル3まで達していることに気付く。しかし、リナリーは戦うと宣言し、ラビたちには船を守るよう依頼する。

第62話：闇に堕ちた聖女

エシの持つダークマターの重力操作の能力によって海中深くへと引きずり込まれてしまったリナリー。苦しみながら、アレンと会話をするという不思議なイメージを体感する。そして、イノセンスを最大限に解放し…。

第63話：船斑ぎ少女戻らず

リナリーがエシと戦っている頃、ラビやクロウリーたちは雲の中に隠れて光線を船の上へと落としてくるアクマたちに注視していた。しかしブックマンが対抗する方法を思いつき、自然物を操作する技・木判を使用する。

第64話：メッセージ

クロスに改造されたというアクマ・ちょめ助によって海底から引き揚げられたリナリーは結晶化したイノセンスに支配されていた。ブックマンはイノセンスが己の意志を持って適合者を救ったことに衝撃を受ける。

第65話：上陸

ちょめ助の押すボートに乗って航海を進めるラビたちは、ついに日本に上陸。ところが、喜びも束の間、レベル3のアクマが3体も出現。ラビたちは物陰に隠れていると、アクマたちは共食いを始め…。

第66話：困惑と焦燥

アジア支部でイノセンスを復活させるための訓練を続けるアレンだが、なかなかうまくいかなかった。状況が進展しないので、アジア支部内では、アレンや彼を支援するバクに対してどんどん風当たりが強くなっていった。

第67話：江戸へ

クロスがいるという江戸へ向かうラビたちだが、途中で再びレベル3のアクマ3体に追われてしまう。レベル3のアクマは非常に強く、一体でも太刀打ちできず、何とか逃げ出そうと試みるも、なかなか通用しない。

第68話：沈黙

アレンはイノセンスを復活させるためにアジア支部内でバク・チャンやフォーと修行中だった。しかし、イノセンスは粒子のままで固定化せず、苦悩するのみだった。そんな様子にアジア支部の職員たちの不審感が募り…。

第69話：侵入

アジア支部の中に突然現れたティキから送り込まれたレベル3のアクマは、物質分解能力を用いた攻撃をアレンに放ち、彼は戦闘不能となる。このままではアレンが殺されると考えたフォーは、必死に策を練り…。

第70話：神の道化

フォーが自分の身代わりとなってレベル3のアクマと戦っていることを知らされたアレンは、自らも戦おうと動き出す。するとそこにはボロボロのフォーの姿があり、怒りに駆られたアレンは戦いを挑み…。

第71話：記された名前

アジア支部内に侵入してきたレベル3のアクマとの戦いの中で、アレンのイノセンスが復活することに成功。バク・チャンをはじめとするアジア支部科学班は早速、そのイノセンスの解析を進めていく。

第72話：帝都決戦

アレンのイノセンスが復活を果たした頃、江戸ではラビたちが千年伯爵とノアの一族との戦いを繰り広げていた。そんな中、千年伯爵が辺りに散らばる大量のアクマたちに命令を出し、合体、融合を繰り返させ…。

第73話：神田、参戦

江戸では、ラビたちと千年伯爵とノアの一族との戦いが続行中だった。ラビはティキ相手に攻撃を仕掛けるが、劣勢は変わらない。また巨大アクマと対決していたクロウリーとブックマンも追い詰められていた。

第74話：江戸消滅

千年伯爵が繰り出した黒いエネルギー波は、江戸の街を覆い尽くしていった。そしてラビたちは巻き込まぬよう必死に逃れるが、リナリーは飲み込まれてしまう。それを見たラビは、がくぜんとするばかりだった。

第75話：クラウンとオーギュスト

千年伯爵に捕らえられたリナリーを救ったのは、新しいイノセンスを得たアレンだった。久しぶりの再会を果たすも、アレンと千年伯爵はすぐに戦いを開始。千年伯爵は剣を取り出し、アレンに切りかかる。

第76話：鍵とノアの扉

再生したイノセンスのクラウン・クラウンを用いて千年伯爵を負かしたアレン。しかしアレンは、スーマンを救えなかったことを後悔していた。その時、地面に星型の紋章が浮き出て、リナリーが吸い込まれてしまう。

第77話：スキン・ボリック・ルーム

アレンたちの目の前に立ちはだかるスキンに対し、神田は1人で戦おうとする。制止しようとするアレンたちに、神田は威嚇までしてきた。仕方なしに、アレンたちは先を急ぐことになり、神田は1人で立ち向かうが…。

第78話：禁忌、三幻式

神田はスキンの繰り出す凄まじい威力の雷をかわし、六幻で対抗。しかしスキンもしぶとい。そんな中、地震が発生し、戦っている場所も崩壊間近に陥る。神田は己の命を代価にする禁忌三幻式という技を使い…。

第79話：ノアズ メモリー

スキンの操る鎖によって体の自由を奪われ、強力な電流で体を支配される神田。しかし渾身の一撃で、スキンを切りつけることに成功。スキンはイノセンスによって体を蝕まれ、徐々に衰弱していった。

第80話：ツインズ・トラップ

スキン・ボリックと戦うために1人残った神田のことをアレンたちは気に掛けていたが、神田は必ず無事だと信じて、前進を続ける。すると突然、廊下の前方から大量の酒瓶が転がってきたので、アレンが手に取ると…。

第81話：借金クライシス

デビットとジャスデロの繰り出す能力の正体が分からずに手を焼くアレンたち。デビットとジャスデロはクロスに激しい怒りを抱いており、怒りの矛先を弟子のアレンに向けていた。怒りの原因とは、クロスの借金で…。

第82話：バッドゲーム

デビットとジャスデロによって付けられた騙し眼鏡によって視覚の自由を失うアレンたち。アレンたちの視界は凄い数の鍵によって埋め尽くされ、デビットはその幻の鍵の山にアレンから奪った鍵を投げ入れた。

第83話：ジャスデビ、登場

デビットとジャスデロが合体して誕生したジャスデビの攻撃によって、クロウリーは大きなダメージを受ける。ジャスデビは凄まじい力を持っており、アレンやラビも全く相手にならず、苦戦状態が続いていく。

第84話：ブラッディ・クロウリー

ジャスデビによって作り出された鋼鉄の処女に挟まれ、クロウリーは串刺しにされる。意識はどんどん薄れていくクロウリー。また、すでに部屋には崩壊の危機が迫っており、ジャスデビも脱出しようとしていた。

第85話：闇色ラプソディー

残してきた神田とクロウリーのことが気に掛かるが、アレンたちは前進を続けていた。そして塔の一番高い場所にある部屋へとたどり着く。するとその部屋にはティキとロードが待っていて、絶望させる言葉を言い放つ。

第86話：ヨワキ ヒト

ティキの圧倒的な攻撃にアレンはなすすべがない。しかしアレンは諦めずに戦っていた。一方、ラビはロードの作り出した夢の空間の中で、彼の仕掛ける精神的な攻撃に苦悶する。そんな中、ティキが大技を出そうとする。

第87話：臨界者

それまで経験したことない危機にひんし、アレンのイノセンスは剣へと変化した。アレンはその剣でティキに攻撃を繰り出す。ロードはアレンが持つ剣が千年伯爵の持っている剣とよく似ていることに気付かされる。

第88話：ラビ

ロードの作り出した異空間へと閉じ込められてしまったラビは、そこで幻による黒の教団の仲間たちから猛攻される。これはロードによって作り出されたものと自分自身に言い聞かせ、幻影から逃れようとするのだが…。

第89話：闇の声

ラビは自分に向けて火判を放ち、火に飲み込まれてしまう。その光景を見てアレンは決死の覚悟でラビを救おうとする。リナリーも絶叫し、ラビの名を連呼。ところが、炎は完全にラビを包み込んでしまう。

第90話：ブラックカーニバル

アレンの剣による一撃で、ティキは戦闘不能になるが、背中に触手を生やし、全身真っ黒の鎧をまとったかのような姿になって生き返る。復活後のティキの強さは以前のレベルの比ではなく、アレンたちは対抗できない。

第91話：ジャッジメント

変身後のティキの強さは圧倒的で、アレンたちは何もできないでいた。だが、アレンとラビはそれでも立ち向かう。しかし絶望的な力の差は広まるばかりだ。その時、意外な人物が現れ、アレンたちを驚かせる。

第92話：奏者の影

激しく崩壊する方舟内部に巻き込まれたラビとチャオジーは、行方不明になってしまう。2人を助けることができなかったアレンは千年伯爵に対し、怒りを持って退魔の剣を使う。アレンは理性を失っていて…。

第93話：旋律

14番目の秘密の部屋にやってきたアレンは、ピアノの前に立つと、勝手に腕が動いて演奏を始める。するとアレンの元にクロスから「方舟を操れ！お前の望みをこめて弾け！」と連絡が入るのだが…。

第94話：帰郷

アレンの奏でたメロディが奇跡を起こし、方舟が元に戻る。そして神田、クロウリーとも無事に再会でき、アレンは歓喜する。アレンたちの無事を祈っていた中国支部や本部のみんなも喜びを爆発させ…。

第95話：羊と犬

アレンたちの帰還に沸く黒の教団本部だが、中央庁から派遣された特別監査役・マルコム＝C＝ルベリエによるクロスの諮問会議が開かれ、雰囲気が一変してしまう。その会議ではクロスの悪行が伝えられ…。

第96話：だが進む刻の針

アレンの前に現れた監査官・リンクは、教団の命令でアレンの監視にやってきたと言う。リンクの話に動揺したアレンは、窓ガラスに映る自分の背後に、奏者の影を発見。一方、リナリーは幼少時代を思い出し…。

第97話：本部襲撃

アンドリューに化けたルル＝ベルと、無数のアクマたちによって、次々に襲われる科学班員たち。アレンたちはアクマの存在に気付き、研究室に駆け付けるが、ドアを開けられずに助けることができないでいた。

第98話：元帥の力

研究室に乗り込み、大量のアクマを相手に戦うアレンとブックマンたちだが苦戦する。ブックマンは壁に貼り付けられて結晶化される始末だ。そんな中、卵はルル＝ベルに奪われ、仲間たちは犠牲となっていった。

第99話：色のノア

圧倒的な力でアクマたちを一網打尽にしてした元帥たちは、今度は卵を破壊しようと動く。すると突然、ミランダが床から噴き出した水柱の中に閉じ込められ、もがき苦しむ。水柱は女性の姿に変化していき…。

第100話：レベル４

アレンはレベル4のアクマに内臓された人間の魂に気付くが、あまりにも醜い姿になっていて、正視することができない。アレンは魂を助けるため、レベル4を攻撃するが歯が立たない。アレンの剣を持つ手が震え…。