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第1話：光の軌跡、ペンデュラム召喚！

「エンターテインメント・デュエリスト」を目指す中学2年生の榊遊矢は、遊勝塾で柚子たちと共にデュエルの練習に励んでいた。ある日、プロデュエリストのストロング石島からエキシビジョンマッチの招待状が届く。

第2話：決闘(デュエル)最強進化系!! その名はアクションデュエル

石島戦で遊矢が生み出した「ペンデュラム召喚」のすさまじさにスタジアムの観客は熱狂。その試合の後、遊勝塾には入塾希望者が殺到し、遊矢は柚子とのテストマッチで再び歓声を浴びようと意気込む。

第3話：ダークタウン 奪われたペンデュラム召喚!!

ペンデュラム召喚をマスターするため権現坂を相手に練習を重ね、再びその力を得た遊矢。そんな彼に怪しい影が接近。最大手LDSに通う沢渡シンゴが、広いコートでペンデュラム召喚を見せてほしいと言うのだ。

第4話：一筋の希望!! ブロック・スパイダー

とらわれた柚子たちを助けるため、沢渡とデュエルで対峙する遊矢だが、沢渡がペンデュラム召喚を決めたというショックから立ち直れずにいた。勢いづく沢渡は、遊矢に猛攻を仕掛けて追い詰めていく。

第5話：弟子入り志願!?おかしなおっかけ「紫雲院素良(しうんいんそら)」

突然現れて遊矢につきまとう謎の少年・素良は、遊矢の「エンタメデュエル」に惚れ込み、弟子入りを請う。あまりの素良のしつこさに根負けした遊矢は、デュエルで戦うことにし、力の差を見せつけようとするが…。

第6話：無邪気な融合玩具(おもちゃ) デストーイ・シザー・ベアー

素良の「融合召喚」に衝撃を受ける一同。遊矢はペンデュラム召喚で応戦するが、素良がその上を行く戦略に出て「シザーベア」は力を増し、「オッドアイズ」を破壊。オッドアイズの力までも自分のものにしようとする。

第7話：反旗の逆鱗 ダーク・リベリオン・エクシーズ・ドラゴン

遊矢に敗れた悔しさが忘れられない沢渡は、新たなカードを手に反撃を企てる。これを阻止すべく柚子が立ち上がるが、対峙する2人の前に謎の男が現れ、制止する柚子を振り切り、無言で沢渡とのデュエルを始める。

第8話：遊勝塾の危機!! LDS(エルディーエス)襲来

遊矢に似た謎の男の「エクシーズ召喚」により、大ダメージを受けた沢渡の事件は世間を騒がせ、レオ・コーポレーションの社長、赤馬零児の耳にも入っていた。そして、報告を受けた零児の母・日美香が行動に出る。

第9話：星々の裁き！エクシーズ使い「志島北斗」

沢渡襲撃事件の犯人という汚名をそそぐため、遊勝塾対LDSのデュエルが幕を開ける。遊勝塾を守ろうと意気込む遊矢の対戦相手、LDS「エクシーズコース」の代表・北斗は、開始早々エクシーズ召喚で遊矢を攻める。

第10話：秘石の騎士！ 融合使い「光津真澄(こうつ ますみ)」

遊勝塾の1勝で迎えた第2戦、柚子はLDS「融合コース」の真澄と対峙。遊矢が沢渡襲撃事件の犯人ではないかと動揺する柚子は、デュエルの戦略にも迷いが生じる。そしてこの戦いは、ついに最終の3戦目に突入する。

第11話：身剣一体!!シンクロ使い「刀堂刃(とうどう やいば)」

3戦目の権現坂の相手は、LDS「シンクロコース」の刃。足場を一歩も崩さない「不動のデュエル」を展開する権現坂とは対照的にフィールド内を駆け巡る刃もまた、「シンクロ召喚」の力で権現坂を追い詰める。

第12話：DDD(ディーディーディー) 異次元の王

遊勝塾対LDSのデュエルに決着をつけようとする日美香の背後で、ついに零児が決起。遊矢はこれまで以上の気迫で零児に挑むが、柚子の言葉により、いつもの「明るく楽しい」デュエルをすべくフィールドに立つ。

第13話：魔導賢者ガリレイ、ケプラー

自分だけの力だと思っていた「ペンデュラム召喚」を、零児に見せつけられた遊矢は、ショックを隠せないまま零児の猛攻に押されていく。しかも零児は、このペンデュラムの先にある新たな戦略を見い出した。

第14話：熱血!! 修造劇場

零児のペンデュラム召喚に衝撃を受けた遊矢は、「ペンデュラムは自分のものだけではない」という現実をいまだ受け入れらない。そんな遊矢を見た修造は、あるメッセージを伝えるため遊矢とのデュエルを決意する。

第15話：目指せジュニアユース選手権!!

気持ちを新たにプロデュエリストを目指す遊矢だったが、目前に迫っていたプロへの登竜門「ジュニアユース選手権」の出場資格に満たないことが発覚。遊矢は焦ってデュエルの対戦者を探し始めるが…。

第16話：天才料理人 『茂古田未知夫(もこた みちお)』

ジュニアユース選手権出場を目指して意気込む遊矢。そんな彼がニコに連れられてやってきたのは料理塾だった。そこには、主婦から絶大な人気を誇る料理デュエリストの茂古田未知夫が待っていた。

第17話：豪快披露!! 満腹全席！

未知夫は完璧ともいえるレシピ通りのデュエルで遊矢に猛攻を仕掛ける。一方、空腹の遊矢にはアクションカードを狙って走る体力すら残っていない。止まらない未知夫の「おもてなし」に耐えるばかりの遊矢だったが…。

第18話：反逆の2つの影

遊矢が選手権出場を目指している頃、LDSでは零児による「ペンデュラム召喚」の研究が進んでいた。だが、何者かによる三度目のLDS関係者襲撃事件が発生。沢渡の父親は、零児の制止を無視して遊矢を追い詰める。

第19話：知識の宇宙!! 九庵堂栄太(きゅうあんどう えいた)

選手権出場を目指す遊矢の2戦目の相手は、「キング・オブ・クイズ」の称号を持つ九庵堂栄太。知識が求められるクイズ・フィールドでは難問、奇問が次々と出題され、全く答えられない遊矢を九庵堂はあざ笑う。

第20話：難問!?アタックデュエルクイズ!!

エクストラ・ステージを迎えた遊矢と九庵堂のクイズ・デュエル。2人はトロッコに乗り、クイズが仕掛けられたフィールドを駆け巡る。クイズに不正解なら罰ゲームがあるというなか、遊矢は不正解続きだったが…。

第21話：ペンデュラムのその先に

選手権出場を懸けた4連戦で2勝を手に入れた遊矢だったが、零児の言う「ペンデュラム召喚の進化の可能性」がいまだ見えない。一方、LDS襲撃事件の犯人を必死に捜す真澄は、特訓中の柚子と素良にデュエルを仕掛ける。

第22話：占い少女 方中(ほうちゅん)ミエル

選手権出場を懸けた3戦目。遊矢を待つのは占いデュエリストの方中ミエル。開始早々、遊矢はリバースモンスターを駆使するミエルのペースに翻弄され、「先が見えない」という悩みまで言い当てられてしまう。

第23話：秘術の眼(まなこ)

不吉な予言に戸惑いながらも必死の攻防を続ける遊矢だが、ミエルの占いデュエルに戦略を封じ込められ身動きが取れなくなってしまう。遊矢はアクションカードでミエルの予言を振り払い、波に乗ろうとするが…。

第24話：反逆の翼 レイド・ラプターズ

LDSでは零児を筆頭に「襲撃犯」の追跡が今も続いていた。一方、恩師の敵を討とうと必死になる真澄の前に「謎の男」が姿を現し、真澄、北斗、刃を巻き込んだ3対1のデュエルが始まろうとしていた。

第25話：不動の覚悟!! 権現坂昇

デュエルを終えた謎の男の前に零児が現れ、場は緊迫感に包まれる。一方、選手権出場を目指して3勝を手にした遊矢は、ラストを飾る一戦を前に気合を入れる。そして、最終対決に選ばれたデュエリストは権現坂だった。

第26話：新たな地平 超重荒神(ちょうじゅうこうじん)スサノ－Ｏ(スサノオー)

親友の権現坂と対峙する遊矢。プロへの道と親友への想いで揺れる遊矢の前で炸裂する権現坂の「新たな不動のデュエル」。遊矢もペンデュラムの先に見え始めたかすかな光を頼りに、全力で権現坂にぶつかっていく。

第27話：開幕!! 舞網チャンピオンシップ

舞網チャンピオンシップが開幕。デュエリストたちが準備を進めるなか、遊矢は父・遊勝の言葉を思い出していた。開会式が始まり、LDSの北斗、真澄、刃をはじめ、各塾の代表ともいえる強敵が会場に姿を現す。

第28話：アユのエンタメ水族館

遊勝塾の一番手・フトシが順調に勝利。遊矢たちは、アユの試合の応援に向かう。アユの相手は「LDSの秘蔵っ子」と呼ばれる零羅。みんなの応援を受けて張り切るアユとは対照的に、零羅は何かに脅えている様子だった。

第29話：融合する音姫！

遊矢たち遊勝塾のメンバーが見守るなか、柚子対真澄のデュエルが始まった。かつての遊勝塾対LDS戦で真澄に敗れ去った柚子は、その悔しさから素良に「融合召喚」を学び、力をつけてきたのだった。

第30話：試される不動の心

柚子に続けと、権現坂の選手権1回戦の幕が上がる。相手はかつての兄弟子・暗国寺ゲン。「親友の遊矢と自分を侮辱した相手に負けるわけにはいかない」と権現坂は気合を入れる。だが、その会場に遊矢の姿はなかった。

第31話：唸る旋風 妖仙ロスト・トルネード！

舞網チャンピオンシップの初戦を迎えた遊矢の相手は、ネオ改め「ネオ・ニュー沢渡シンゴ」。進化した遊矢のペンデュラムデッキに対抗し、沢渡も新たに「妖仙獣」デッキを手に、憎きライバル・遊矢に戦いを挑む。

第32話：熱戦！エンタメデュエルショー!!

「ペンデュラム召喚がお前を敗北に導く」と沢渡が言ったとおり、ペンデュラム召喚を封じられ、追い詰められる遊矢。彼のエンタメデッキと沢渡の妖仙獣デッキが繰り広げるデュエルは、まさにエンタメデュエルだった。

第33話：未来都市ハートランド

熱戦が続く舞網チャンピオンシップは、ついに素良がフィールドに登場。彼の相手は謎に包まれたエクシーズ使いの黒咲隼。選ばれたフィールド「未来都市ハートランド」に、黒咲は少しばかり動揺を見せる。

第34話：結合魔獣ｖｓ進化する隼

黒咲の「レイド・ラプターズ」により、モンスターを全滅にまで追い込まれた素良。新たな融合モンスターを召喚して猛攻に出るが、黒咲の戦略はその上を行く。次々とモンスターを破壊される素良は焦りを隠せない。

第35話：アカデミアとレジスタンス

黒咲に敗れて治療を受ける素良。しかし医務室を抜け出し、素良とユート、それぞれの想いがデュエルでぶつかりあう。姿を消した素良を捜す遊矢は2人のデュエルを止めようとするが、その手は振り払われてしまう。

第36話：共鳴する竜

素良とユートを制することができない遊矢は自らそのデュエルに飛び込み、対峙する遊矢の「オッド・アイズ」とユートの「ダークリベリオン」が共鳴し始める。一方、自分の想いをユートにぶつける素良に異変が起こる。

第37話：動き出す運命

素良が消えたフィールドに残された遊矢とユート、そしてバイクに乗って現れた謎のデュエリスト・ユーゴ。ユートは「融合の手先」ユーゴとデュエルを始めるが、ユーゴはシンクロ召喚を自在に操りユートを追い詰める。

第38話：４つの次元

ユートとユーゴの戦いの後、意識を失い2日間の眠りから目を覚ました遊矢は、ユート、ユーゴと出会った夜のことを柚子に語りだす。そして2人は、「次元」にまつわる衝撃的な話の真偽を確かめるべく行動を起こす。

第39話：逆鱗の覚醒

遊矢の2回戦の相手は、武闘派・梁山泊塾の勝鬨勇雄。勝つことが全てと言う勝鬨に対し、エンタメデュエルで勝鬨を笑顔にさせようと奮闘する遊矢だったが、勝鬨の手荒なデュエルに次第に追い詰められていく。

第40話：アカデミアの戦士

柚子や権現坂の2回戦が進むなか、LDS所属の志島北斗が何者かに襲われ不戦敗になってしまう。北斗を襲った犯人を追う零児は、柚子によく似た少女のもとにたどり着くが、そこで少女の従者が零児にデュエルを仕掛けた。

第41話：野望の地 デュエルアカデミア

柚子に似た少女の名はセレナ。何と零児とセレナは過去に「融合次元」で出会っていた。そして今、父・赤馬零王を追いかけて次元を飛んだ零児と、零王からの解放を望み次元を飛んだセレナが再会したのだった。

第42話：バトルロイヤル始動

2回戦を勝ち抜いた遊矢たちは、「バトルロイヤル」で戦うことになった。4つのアクションフィールドと、そこにばらまかれたペンデュラムカードをめぐり、「氷山」エリアでは柚子と権現坂がLDSの留学生と激突する。

第43話：華麗なる留学生「デニス」

遊矢のピンチに現れたのはLDSの留学生、デニス・マックフィールド。華麗なデュエルで梁山泊塾の竹田、梅杉の攻撃をかわし、遊矢を助ける。一方、遊矢は勝鬨とのデュエルを思い出し、相手への攻撃をためらう。

第44話：紫雲院素良、襲来!!

柚子対デニスのエンタメデュエルが繰り広げられる一方、遊矢は「古代遺跡」エリアでついに黒咲を発見。疑問をぶつけあう遊矢と黒咲だが、ナイト・オブ・デュエルズの襲撃を受け、バラバラに吹き飛ばされてしまう。

第45話：相克と相生

黒咲と素良が激闘を繰り広げるなか、ナイト・オブ・デュエルズがカードに封じられるのを見た遊矢は怒りを抑え切れず、オベリスク・フォースにデュエルを挑むが、彼らの卑怯なやり方に追い詰められていく。

第46話：反逆の覇王黒竜

遊矢の新たなドラゴンは、オベリスク・フォースを容赦なく攻撃。権現坂たちは何かに取りつかれたように暴れる遊矢を必死で止める。一方、自分によく似たセレナと出会った柚子は、過去の惨劇を語り始める。

第47話：冷たい笑みのユーリ

セレナに真実を伝えるため、黒咲との接触を試みる柚子の前に、赤馬零王からの命を受けたユーリの魔の手が襲いかかる。ユーリの圧倒的な力から逃れようと逃げ回る柚子は、遊矢にそっくりな顔のユーゴと出会う。

第48話：手負いの隼

セレナは傷ついた黒咲を抱えて逃走するが、追跡する素良たち融合次元のデュエリストたちに追い詰められてしまう。バトルロイヤルは激しさを増し、セレナと黒咲を交えた3対3のデュエルが始まった。

第49話：デュエルで笑顔を

黒咲は傷を負ったままオベリスク・フォースとのデュエルを続行。そこへ沢渡と権現坂が乱入し、黒咲の手助けをする。その頃遊矢は、変わり果てた素良の笑顔を取り戻すためデュエルを始めるのだが…。

第50話：ランサーズ 選ばれた戦士

異次元勢力に対抗するために選ばれた零児たち「ランサーズ」。しかし、このバトルロイヤルによってカードに封じ込まれた未知男、行方不明になった柚子を想う遊矢は、抑え切れない怒りをデュエルで零児にぶつける。

第51話：反旗を揚げろ オッドアイズ・リベリオン・ドラゴン

ランサーズとして選ばれたデュエリストたちが見守るなか、遊矢と零児のデュエルは続く。柚子への想いをぶつける遊矢を尻目に、零児はペンデュラム召喚を展開して遊矢を挑発。激しいバトルで遊矢は傷ついていく。

第52話：蘇る伝説総長!!

柚子を救うため、ランサーズとして、デュエリストとして戦いへの決意を新たにする遊矢。舞網市では、日美香によりMCSの中止とともに異次元勢力の存在が告げられたが、街はランサーズへの期待で盛り上がっていた。

第53話：笑顔のデュエル「スマイル・ワールド」

母・洋子とのデュエルを通して父・遊勝が残したデュエルに対する熱い想いを知った遊矢は、改めて「柚子だけではなく、素良も必ず救う」と異次元との戦いへの意志を固め、母に約束する。そして、旅立ちの時が来た。

第54話：シンクロ次元 「シティ」

柚子はバトルロイヤル中にユーリに追い詰められ、遊矢にそっくりなユーゴの故郷に立っていた。互いに起こった奇妙な出来事を話していた2人はセキュリティの追跡に遭い、ライディング・デュエルに巻き込まれる。

第55話：治安の強制 デュエルチェイサーズ

本場のライディングデュエルとシンクロ召喚を目の当たりにした柚子は、ただ驚くばかり。一方、勝手知ったる街をDホイールで疾走するユーゴだが、セキュリティのデュエルに追い詰められてしまう。

第56話：セキュリティ完全包囲網!!

次元を越えた遊矢たちはシンクロ次元に降り立った。しかも、遊矢の周りにいるのは沢渡とセレナ、そして零羅のみ。離れ離れになった仲間を捜そうとする遊矢たちだが、セキュリティに見つかってしまう。

第57話：黒い旋風 クロウ・ホーガン

絶体絶命の遊矢たちを救った男はクロウ・ホーガン。遊矢たちはクロウのアジトに身を寄せ、そこの子供たちから柚子とユーゴの目撃情報を得る。一方、2人でシティを彷徨うデニスと権現坂はデュエルを始める。

第58話：闇デュエルへの招待

デニスと権現坂の前に現れた謎の男・ギャラガー。不信感を拭えない権現坂に対し、デニスは意気揚々とギャラガーが案内する地下デュエル場へ向かう。そこでは、あの黒咲がデュエルを繰り広げ、大歓声を浴びていた。

第59話：地下ライディング・デュエル!!

黒咲とのデュエルでデニスはペンデュラム召喚を展開し、その召喚反応に治安維持局長官・ロジェが目を光らせていた。一方、零児と離れてからふさぎ込みがちな零羅を何とか笑顔にしたい遊矢だったが…。

第60話：地獄の沙汰もカード次第

セキュリティに捕まってしまった遊矢たち。その行き先は、一度入ると二度と出られないと噂され、誰もが恐れている収容所だった。姿を消した零羅を心配する遊矢だが、そこでランサーズの仲間との再会を果たした。

第61話：ドローを捨てた男

収容所のみんなが見守るなか、遊矢対徳松長次郎のデュエルが白熱する。ドローするとLPを削られる「徳松必勝コンボ」で遊矢を追い詰める徳松はすでに勝利を確信していたが、遊矢は奇跡を信じてチャンスを待つ。

第62話：大エンタメデュエル大会!!

「エンジョイ長次郎」の復活に興奮冷めやらぬ収容所内。遊矢対徳松のデュエル以降、囚人たちは生き生きとしていた。そんな時、遊矢はシンジから収容所内で行われる「大エンタメデュエル大会」への出場を打診される。

第63話：捕獲者の王「ゴヨウ・キング」

収容所の外に向かう遊矢たちを追う捕縛隊は、ゴヨウモンスターを召喚して追い詰める。絶体絶命のその時、権現坂と黒咲が姿を現す。遊矢たちは見事な連係プレイで応戦し、どうにか脱出に成功したと思われたが…。

第64話：デュエルキング「ジャック・アトラス」

評議会の味方であることを証明すべく、遊矢たちランサーズは零児の発案でフレンドシップカップに出場する。しかも遊矢は前夜祭のエキシビジョンマッチでのデュエルを命じられ、キングことジャック・アトラスと戦う。

第65話：打ち砕かれたエンタメ

遊矢対ジャックのデュエルはシティの人々を沸かせた。一方、遊矢はジャックに言われた「お前のデュエルはひとりよがりに過ぎない」という言葉の意味を考えていた。そんな遊矢の前に、カードを手にした少年が現れる。

第66話：開幕戦!! クロウvs権現坂

少年・サムから渡されたカードを手にする遊矢。一方、大会が開幕し、初戦はクロウのBF＝ブラックフェザー対権現坂。初のライディングデュエルに戸惑う権現坂を尻目に、クロウのブラックバードは好調に疾走する。

第67話：シティの光と影

互いの心が通じあい、観客を熱狂させたクロウ対権現坂。その時、遊矢の部屋をあの徳松が訪れ、フレンドシップカップで敗北したデュエリストの行方を語る。一方、デュエルパレスでは、次の対戦カードが発表された。

第68話：Ｂ・Ｆ一斉蜂起

シンジVS月影のデュエル。シンクロ次元の格差社会を変えようと、コモンズたちに一斉蜂起を促すシンジ。モンスターも彼のお思いを示すかのように月影に襲い掛かっていく。月影はじわりじわりと追い詰められ…。

第69話：疾走するディーバ

10年ぶりにフィールドに帰って来た徳松の対戦相手は、ライディング・バトル未経験の柚子だった。TVの前で見守る遊矢に自分の精一杯の姿を見せるべく、柚子は全身全霊で徳松の猛攻に立ち向かっていく。

第70話：届かぬ叫び

柚子と徳松のエンタメデュエルに刺激を受けた遊矢は、気持ちを新たに再び立ち上がる決意をする。一方、評議会議事堂にいる零児と零羅の前に、ジャック・アトラスが現れる。ジャックは自分の過去を語り始め…。

第71話：白銀の剣

フレンドシップカップ2日目、次の対戦は遊矢VSデュエルチェイサー227。ジャックに敗れた悔しさを胸に、自分のエンタメデュエルで笑顔を届けたいとデュエルに挑む遊矢だったが、容赦ない猛攻を受け…。

第72話：ドラゴン征伐!! ユーゴvs沢渡

自分のデュエルが通じない現実に落ち込む遊矢。一方、会場では沢渡VSユーゴのデュエルが始まり、早くも激戦が繰り広げられていた。その時、2人のデュエルを見つめる遊矢のデッキが、かすかな光を帯びる。

第73話：地を這う敗北者たち

デュエルに敗れ、地下強制労働施設に送り込まれてしまった権現坂や徳松、沢渡の前にギャラガーが現れる。彼は、権現坂たちにこの地下労働施設でのルールや地上への戻り方を語り始めるのだった。

第74話：道化師の仮面

フレンドシップカップ1回戦最後の闘いは、黒咲VSデニス。デニスの正体を疑う黒咲に対し、デニスはいつも通りのデュエルで応戦する。ところが、黒咲に追い詰められたデニスは、ある衝撃のモンスターを召喚し…。

第75話：反逆者の呪縛

黒咲とのデュエルでとうとう自分の正体を明かしたデニス。その姿にランサーズのメンバーは衝撃を受ける。黒咲は怒りと憎しみが頂点に達し、デニスとまさに戦場のようなデュエルを繰り広げるが…。

第76話：キングス・ギャンビット

脅威的存在、アカデミアの一員であるデニスの身柄を確保しようと対立する、行政評議会とセキュリティ。ロジェの指揮権を停止させた行政評議会に対して、ロジェは新たに「キングス・ギャンビット」を発令し…。

第77話：破壊の美学

フレンドシップカップ2回戦、第1戦は柚子VSセルゲイ。次元戦争の恐ろしさを訴えるために全力でデュエルに挑む柚子だが、セルゲイはまるで攻撃を誘うかのように自らへのダメージを増加していき…。

第78話：革命の嵐

柚子の安否が気になり居ても立ってもいられない遊矢に、無情にもシンジとの対戦が発表される。トップス支配の世の中に革命を起こそうとするシンジの考えに反発する遊矢だが、シンジの猛攻に追い詰められていき…。

第79話：覚醒する魔導剣士

素良の必死の訴えにより柚子が無事であると確信した遊矢は、逆転の一手を引き当てるため、思いを込めたドローをする。そんな遊矢が引いたのは、使えないカードとしてサムから預かった「調律の魔術師」だった。

第80話：次元を越えた再会

デュエルに勝利した遊矢に親しげに近づくロジェ。その様子を見たコモンズたちは、遊矢とロジェの繋がりを疑う。そんな中、デュエル中に見掛けた素良の姿を追って、遊矢はデュエルパレスを飛び出すのだった。

第81話：それぞれの戦場

激しくぶつかり合う黒崎とクロウ。互いのモンスターが白熱する空中戦を繰り広げていたその頃、ロジェは「デュエルで皆を笑顔にしたい」という遊矢の思いに賛同し、互いの理想を実現するため共闘を申し出るが…。

第82話：究極の隼vs黒羽の雷

激しさを増す黒咲VSクロウのデュエル。「ファントムシンクロ」でエースモンスターを復活させ勢いに乗るクロウに、黒咲は突然デュエルの中止を訴える。そんな声には耳を貸さず、クロウはデュエルを続けるが…。

第83話：師弟の絆

フランク、アマンダ、タナーと行動を共にしていた柚子は、とうとうセキュリティに包囲されてしまう。危機的状況の柚子だったが、そこに素良が現れる。強い絆で結ばれた2人が、セキュリティに立ち向かい…。

第84話：運命のダイスロール

ロジェの陰謀が渦巻く中、ユーゴとセレナのデュエルが始まろうとしていた。幼馴染みのリンと似た顔をしたセレナに戸惑うユーゴだったが、セレナの一撃に衝撃を受け、全力でデュエルに挑んでいく。

第85話：水晶の翼

ロジェの思惑でセレナに有利なコース変更がされる中、ユーゴとセレナの激しい攻防により、会場の盛り上がりは最高潮に。一方、独房内の遊矢の意識はユーゴとシンクロし、目の前にはユーゴと同じ景色が広がっていた。

第86話：怯まぬ決意

ユーゴとのデュエルに敗れ、地下施設へ送られるセレナ。ところが途中、セキュリティたちに襲撃されて身動きが取れなくなってしまう。そこへ窮地を救うかのように、デュエルディスクを構えた零羅が現れ…。

第87話：野獣の記憶

急きょ実施されることになったフレンドシップカップ準決勝。その第1試合は、何と遊矢VSクロウ。遊矢たちランサーズへの誤解を詫びるクロウ。一方遊矢は、仲間救出のためクロウに協力を求めるが…。

第88話：雷鳴の一撃！

遊矢、ユート、ユーゴ、ユーリ、4人の意識がシンクロし凶悪化する遊矢は覇王黒龍を召喚し、クロウを追い詰めていく。その様子に異変を感じた素良は遊矢の身の危険を案じ、クロウに協力を求めるのだった。

第89話：強襲！オベリスクフォース

突然現れたオベリスクフォースに驚く素良。ロジェはセルゲイを使い迎撃に備える。一方、意識を取り戻したユーゴとユーリは再び対峙する。零羅と月影は二手に分かれてオベリスクフォースに立ち向かうが…。

第90話：革命の狼煙

セレナを守るため、オベリスクフォースと1人対峙する零羅。その体力が限界に近づいたその時、遊矢が現れる。デュエルで立ち向かう遊矢だが、オベリスクフォースの援軍となるデュエリストは、あのバレットだった。

第91話：めぐりあう運命

オベリスクフォースの襲来により、地下施設では黒咲、権現坂、柚子が混乱の中にいた。一方、必死に攻防を続ける遊矢だが、バレットの「紋章」効果に苦戦を強いられ、次第に追い詰められていく。

第92話：悲運の再会

遊矢とバレットの激戦が続く中、そのすぐ近くではユーゴがユーリと対峙していた。遊矢、ユート、ユーゴ、ユーリ、4人のドラゴンがそれぞれのフィールドに現れたその時、再び遊矢に異変が起きる。

第93話：破滅のデュエルマシン

セレナに続き柚子までをも奪われた遊矢は、仲間たちと共に救出に向かう。そんな中、シティはコモンズの暴動により大混乱に陥っていた。その強行策として、ロジェは準決勝第2試合を決行するが…。

第94話：魂を刻んだ右腕

ジャックとセルゲイの激しい決闘によって、シティは静まり返っていた。セルゲイはじわじわとジャックを追い詰め、究極の選択をジャックに突き付ける。一方、遊矢たちは柚子が捕らわれている治安維持局へと向かう。

第95話：己の信じるデュエル

デュエルの決着と共に、暴徒と化すコモンズだち。切り札を失ったロジェは、シティを再び大混乱へと導く。一方、柚子の決死の願いを聞き動揺する遊矢の下に、サムがジャックから託されたあるメッセージを届ける。

第96話：借り物の言葉

デュエルパレスにたどり着いた遊矢は、自分の決意をジャックにぶつける。遊矢VSジャックの決勝戦という激戦が繰り広げられるデュエルパレスに、ロジェはセキュリティを差し向け、コモンズたちはそれを追うが…。

第97話：気高き超魔導剣士

シティの混乱が増す中、ランサーズを率いてついに動き出す零児。その頃、デュエルチェイサーを難なくはねのけたジャックは一気に遊矢を追い詰める。一方の遊矢も、自分のデュエルで思いをジャックにぶつけるが…。

第98話：ひとつの道へ

5体同時召喚を決めて白熱する遊矢のデュエルに、シティ全住民は目を奪われていく。それに対し、ジャックはレッド・デーモンズをパワーアップし、全身全霊で遊矢を受け止めようとするのだが…。

第99話：永遠のデュエル

零児とロジェ、互いのプライドを懸けたデュエルが始まる。DDモンスターを華麗に操る零児、その圧倒的な強さに追い詰められていくロジェ。しかし、その姿に異変が起き…。一方、遊矢とジャックは零児の下へ急ぐ。

第100話：絶望の都ハートランド

遊矢が新たにたどり着いた街は、ユートと黒咲の故郷・エクシーズ次元の街「ハートランド」だった。柚子と再び離ればなれになり、権現坂や沢渡とこの街を彷徨い歩く遊矢。すると、目の前にアカデミア軍が姿を現す。